鳳山溪是典型的都會型河川，上游主要流經33萬人口的鳳山市，下游流經高雄市，另稱前鎮河，全長20公里，鳳山溪主要污染來源為生活污水與工業廢水。
環保署為有效改善鳳山溪水質，確保環境生態之永續發展與利用，自民國91年訂為河川整治年以來，鳳山溪即列為整治重點河川之一，除了積極協調環保單位加強上游皮革業的稽查管制工作外，另配合高雄縣政府進行「鳳山溪流域整體整治工程」，藉由生態工法之理念進行水質淨化、景觀綠美化、河道河面改善、污水截流及輸水等工程，希望能將鳳山溪塑造成都會型河川整治的典範。
環保署表示，92年補助高雄縣政府1,000萬元，針對鳳山溪流域整體整治進行規劃及細部設計工作，歷經一年的污染分析與規劃設計，整治工程計畫能如期動工，93年及今（94）年度陸續補助高雄縣政府進行「鳳山溪流域整體整治工程」，補助金額約4億元，包括生活污水截流處理、中正公園及百榕園人工溼地及景觀綠美化工程、沿岸生態工法景觀綠化及污染整治等。
依據高雄縣政府對於「鳳山溪流域整體整治工程」之規劃，鳳山溪整治工程分為五期，整體整治計畫預定於94年底前完成，五期工程分別是：
第一期工程：大東橋至昭南橋段之景觀綠美化工程（含大東文化園區周圍15公尺綠地）。
第二期工程：污水截流工程及輸水工程，其中污水截流工程將截流兩岸雨水下水道之雨污水至鳳山市污水處理廠處理；輸水工程則將污水處理廠處理後乾淨之放流水輸送5,000CMD回送至中正公園新設之人工溼地再次淨化後放流鳳山溪，營造親水環境。
第三期工程：改造鳳山溪人行景觀橋3座(位於百榕園、八仙公園、垃圾山)。
第四期工程：改善國父紀念館人行步道、中正公園及百榕園景觀綠美化工程(含人工溼地)，輸水工程之抽水站2座，及博愛橋至大東橋(河道長770公尺)之河道工程。
第五期工程：大智橋至博愛橋(河道長470公尺)及昭南橋至民安橋(河道長1,870公尺)之河道改善工程與兩岸景觀綠美化工程，既有7座車行橋樑綠美化、民安橋至下游高雄縣市界之河道改善工程及兩岸之景觀綠美化工程，河道長約1,740公尺。
環保署表示，「鳳山溪流域整體整治工程」得以順利進行，仰賴楊縣長、高雄縣政府工作團隊及全體縣民共同的努力，整體整治工程完工後，預期可大幅降低鳳山溪污染負荷，並有效改善鳳山溪之水質及生態環境，逐步恢復鳳山溪之生機；另隨著鳳山市下水道建設工程及用戶接管、污水管線工程之提升，必能打造鳳山市優質環境，讓鳳山溪「清水」環境成為縣民之「親水」活動空間，鳳山溪清澈風華之遠景必能重現縣民眼前。