11月17日中午二仁溪下游從南萣橋至出海口約1.5公里長的河面有出現帶狀翻紅現象，環保署督察總隊南區督察大隊在接獲民眾反應後，當日即刻派員稽查並通知相關地方環保單位參與全面追查污染元兇。
該大隊在連續兩天的實地稽查並採取河川水樣，經分析結果一般理化項目除鐵比平日監測較高外其餘項目並無太大異常現象，初步排除有偷排或槽車偷倒的情況，生物方面則採集水樣送至環保署環境檢驗所分析，初步排除渦鞭毛藻造成，需再進行細菌培養純化鑑定，根據顯微鏡觀察發現顏色變紅的水樣佈滿細菌，與今年4月台南運河感潮河段翻紅事件由Rhodopseudomonas palustris紫色非硫光合細菌所造成情況類似。Rhodopseudomonas palustris紫色非硫光合細菌為水中底泥及土壤中常見的光合細菌，其不僅能轉換二氧化碳成為體內所需能量，它還能將氮氣(N2)轉化成氨(NH4)及氫氣(H2)，並會使河水中二價鐵氧化為三價鐵而使水呈現紅色。
環保署表示這幾天南部地區日夜溫差較大，造成河中底泥翻滾帶動使底層紫色非硫光合細菌上昇滋長，此為自然現象民眾無需恐慌，環保署亦將賡續加強該河段的稽查。