為確保薔蜜颱風後的飲用水品質，環保署表示自來水公司及環保機關已在災後立即進行水質抽驗，截至30日下午5點為止，共抽驗299件水樣，檢驗結果顯示，餘氯濃度介於每公升0.2毫克至2毫克之間，濁度介於0.2-6.0濁度單位（NTU）之間，pH值約在7-8之間，均合乎飲用水水質標準，民眾可以安心使用。薔蜜颱風帶來豪雨，基隆河、大漢溪、大甲溪、北港溪、八掌溪及高屏溪水源濁度都升高，經自來水淨水處理後都合乎標準。
環保署呼籲淹水地區民眾，飲用水要煮沸後飲用。水災後，因水源濁度高消毒劑量亦較平常高，若感覺消毒劑味道較濃，可多煮沸3-5分鐘。水災後，蓄水池必要時亦需清洗，以確保飲用水安全。
環保署也表示，此次水災淹水面積廣大，各縣(市)環保單位已建立互相支援機制，可在最短時間協助相關管理單位清理主要街道環境，並希望民眾能積極配合主動清理積水容器，以免登革熱病媒蚊孳生，引發疫病流行。