環境污染改善工作除污染源控制外，透過稽查手段督促污染源採取積極作為，亦是環保機關主要工作之一，爰此各級環保機關乃配有稽查人力，執行相關稽查計畫。民國八十八年七月一日行政院核定正式成立環境保護警察隊，以協助環保機關排除稽查或取締違法的阻礙，該隊的成立使環保機關執行環境稽查工作更如虎添翼。該隊成立迄今已有五年，總計查獲檢肅環保流氓（治平對象）二十件五十三人、取締環保犯罪移（函）送案件九四四件、二三二三人、查扣機具一九○三部。以本年一至四月為例查獲違反環保法規涉有刑責者移（函）送檢調單位偵辦者即達三十二件、五十五人、查扣機具二十三部。另為提升環境稽查能量，自九十二年起環保署環境督察總隊調整所屬北、中、南三區環境稽察大隊勤務內容與環保警察隊，採取混合編組共同執勤方式，更強化環境稽查工作，本年一至四月即執行稽查案件高達一九○三二件，績效卓著。
環保署表示，環保犯罪或環境污染事件常發生於偏遠地區或縣市交界處或跨區域，諸如非法棄置廢土、有害廢棄物、河川污染均跨越行政界線，該署環境督察總隊自九十二年三月更進一步將所屬三區大隊結合環保警察隊及地方環保局稽查單位成立「環境污染處理區域聯防體系」，建立稽查、通報方式，聯防機制啟動作業程序，可謂結合了地方稽查、環保警察、環境督察之中央、地方充分分工合作，為具時效、功能，打擊環保犯罪之堅強隊伍。以發生在苗栗縣南庄鄉再春磚窰廠被棄置不明八六七桶液態廢棄物之處理為例，即見該支環境稽查、環保警察、環境督察隊伍聯手出擊之效率。該案係發生於九十二年十月十二日苗栗縣南庄鄉田美派出所接獲民眾檢舉稱該鄉廢棄工廠內遭棄置不明桶裝廢棄物，該派出所隨即通報，該署環境督察總隊北區環境督察大隊、中區環境督察大隊、環境檢驗所、苗栗縣環保局、工研院及環保警察隊等單位隨即發動區域聯防機制，經現場稽查發現有八六七桶液態廢棄物，其成分大都屬有機溶劑類，並再經危害分析，部分屬有害廢棄物，該等廢棄物來源經巡線追查，於九十二年十月二十一日確認來自桃園縣，由於該行為已違反廢棄物清理法四十六條規定，該署乃於九十二年十月三十一日將相關行為人函送苗栗地方法院地檢署偵辦，該署為嚴究相關行為人的刑責，已再指定本署環檢所為鑑定人，正進行上開八六七桶廢棄物成分逐桶分析的工作。上開案件順利的偵破即靠相關機關的分工與合作，此也顯示區域聯防的重要性。
環保署特別呼籲，不法業者應主動收斂，儘速改善缺失，不要心存僥倖。另環保犯罪的預防，尚需仰賴全民參與，環保署亦希望民眾勇於檢舉不法，共同打擊犯罪。