紐埃籍耘海（YUN HAI）輪於2月25日凌晨擱淺於澎湖縣小白沙嶼岸際，現階段雖定位為船難事件，但是環保署考量船上載有約150公噸油料，一旦洩漏可能造成的環境危害風險，因此於當日即依據「重大海洋油污染緊急應變計畫」啟動應變機制，並立即派員赴澎湖，於同日下午召開跨部會油污染緊急應變協調會議，掌握船舶狀況及展開預防油污染洩漏相關應變措施。經連日來持續監控及掌握船舶附近岸際狀況，目前未發現有油品洩漏污染情形。
環保署25日下午召開跨部會油污染緊急應變協調會議，除掌握各單位緊急應變資材備變狀況及現階段相關應變處置情形外，並請各單位依權責預為因應，尤其是船上油品的移除與後續船體拖救事宜。交通部航港局將儘速掌握船東及保險公司相關資料，並依據商港法第53條相關規定，於難船殘油未抽除前，或油污染外洩疑慮未解除前，令船舶所有人提供相當額度之財務擔保，該局亦將儘速要求船東移除處理相關油品。環保署並至勞工育樂中心與獲救船員訪談藉以掌握船舶相關資訊，據船員表示，船上裝載油品係為柴油。交通部航港局並已召開「耘海（YUN HAI）輪擱淺緊急應變第一次會議」，會中證實該輪確實使用柴油，並非重油。該局後續將請船東提出油品及船舶移除相關計畫。
對於今（28）日媒體報導澎湖公民團體促緊急處理一事，環保署表示，船東在27日已抵達臺灣，並於今日由交通部航港局主導，會同船東、澎湖縣環保局等相關單位一同前往事故現場勘查，澎湖縣環保局也請船東儘速提出防止油污染之應變作為。後續海巡署也將視海氣象條件，在兼顧人員安全的考量下儘速佈放攔油索，惟27、28兩日因海域現場風浪過大，暫無法佈放。
今（28）日經相關單位前往澎湖小白沙嶼現場勘查结果，船體擱淺在小白沙嶼礁岩區上，船隻目前尚處平穩未有明顯傾斜現象，且左側船頭有下錨，觀察船體四周目前未有漏油之情形。交通部航港局當場責成船東儘速委託協力廠商並完成委託關係，在氣候允許的狀況下，預定於明（29）日準備進行攔油索佈設工作。另航港局要求船東於2日內（至3月1日）提出移除抽油計畫書送審並將儘速核定，據以執行，務求縮短船上油料移除之時間，將油污洩漏風險降至最低。
環保署在該船油品移除之前，將持續監控並與各緊急應變單位合作，備妥海上與岸際油污染緊急應變資材，一旦發現油污，可立即執行清除作業。環保署連日來持續運用油污染擴散模擬系統，依當日海氣象條件預測若有油污洩漏，24小時之內可能影響的範圍，作為防範參考，同時以福衛二號衛星監控事故地點附近海域。
環保署與相關單位攜手合作，共同防範海域及岸際發生柴油污染，竭盡一切措施，避免耘海輪海難事件衍生出任何環境危害。