環境決策需要建基於科學與事實的基礎上。但科學不是萬能的，不能給我們所有需要的答案。科學上沒有答案的，就只能由決策者依據價值與利益的判斷來做選擇。如果是公民投票，需要有人告訴投票的人甚麼是科學上已有共識的事，甚麼是科學上仍無法確定的事，讓大家在科學與事實的基礎上，依據自己的價值與利益或個人的喜好來做正確的選擇而投下一票。
另外，事實發生的過程，不是每個人都會親眼見到。經常在傳述事實的時候發生失誤，造成常見的一件事眾說紛紜，讓事實真相模糊了。是誰？還是甚麼樣的程序？可以讓事實還原真相，或者說起碼不會把明明事實上是黑的，因某人不喜歡黑的，就把他說成白的，讓大家以為是白的，而做了錯誤的決定。
解決問題的關鍵就在發生爭議時，讓權益會受到影響的相關人士，有機會參與事實與科學的發現過程，讓事實真相澄清的結果及背後依據的科學論述，具有公信力。環保署依據環境影響評估法組成環境影響評估審查委員會，進行環境影響評估報告書的審查。整個審查過程，無論是專家會議、專案小組會議及最後的環評大會，就是對重大開發案件的環境影響背後存在的影響事實與科學推論正確性的一個發現與澄清的過程，讓後續的決策者基於正確的資訊做決定。
為了讓發現或澄清事實的結果具有公信力，環保署除了依法讓各界關心人士列席各項會議登記發言外，馬總統執政後的新政府更設計了，對爭議性的議題由權益相關的團體，例如環保團體及當地民眾，分別推薦其信任的專家參專家會議澄清事實的程序。而對於影響許多案件審查，用來評估的科學方法性爭論，屬通案性問題的，署長亦親自主持，邀請相關專業領域但有不同論述的學者專家與會，澄清方法性差異及找出具有共識的科學評估正確方法。
我國環評法與其他先進國家不同的是，授權了環評審查委員會，可以對環境影響評估結果，仍有重大環境影響之虞的開發計畫，認定不應開發。也就是21位環評委員在環評大會審查的最後階段，依據審查完竣的環評報告書中已發現的事實與科學推論，及其中科學無法提供答案的部分與事實無法澄清的部份，依據各自的價值觀作獨立判斷，以共識決方式或無共識時以記名密封的方式表決，決定是否要否決該開發案。
因此，在環評大會表決前的所有環評會議，都是為了澄清事實與科學推論的正確性，及該案科學推論的不確定性或限制所在。這些程序必須公開透明而權益相關者有參與發言陳述問題，及推薦其信任的專家出席爭議性議題專家會議的機會。環保署有責任將最新發現的正確事實與科學評估方法，讓環評委員及社會大眾知悉，以便社會大眾及環評委員環評大會表決時做出獨立正確的判斷，無關環保署是否支持或反對該開發案。
國光開發案環評審查，環保署成立了五個相關權益各方推薦專家，分別組成國光開發對白海豚、人體健康、水資源、海岸地形與溼地、溫室氣體排放影響等五個有爭議性議題的專家會議，以完成為澄清其影響推論的科學與事實討論。白海豚及海岸地形與濕地影響的專家會議早已做成建議認為，開發案雖然會採取相關保育白海豚及濕地保育措施，但科學預測的不確定性無法百分之百確認這些措施的有效性，因此建議開發單位將場址外移至水深十公尺以上之外海地區。開發單位基於成本及安全考量，新提出的規模縮小方案並未採納外移方案，開發單位這項決定就是留待未來環評委員在環評大會共識或表決時，考慮是否要否決這項開發計畫的重要因素。
環保署長並另外親自主持關於社會成本效益評估與健康風險評估兩項通案性評估科學方法的專家討論會議，澄清會影響其他開發案使用的科學評估及審查的方法性問題。在環保署最近新聞稿中將這些會議的結論公諸社會大眾，並在各網頁部落格相關論述的回應欄中張貼，目的就是希望大家清楚知道，如果國光開發案被認定不應開發的真正原因會是哪一項。不應把對的部份說成錯的，把錯的部份說成對的。例如國光開發案除了白海豚及濕地保育措施與海岸變遷，有科學預測上的不確定性外，其他至今確定的事實包括：國光承諾大度攔河堰無法設置時，必須使用海水淡化供水，排除任何可能引起地層下陷的顧慮；承諾採取最佳可行措施減少空氣污染物至健康風險增加率在國外可接受的萬分之ㄧ(10-4)以下；環保署要求國光承諾未來減碳至零增量為目標等。
其中，環保署認為該要求國光減碳至零增量，就要求，是為國家減碳目標而要求，並不是為國光把關或護航。