行政院環保署為推動大台南地區環境守護行動，於本(96)年3月在台南市與台南地檢署、台南縣市環保局、警察局、環保警察隊第三中隊、台南市社區大學及環保團體共同簽署結盟合約，由台南地檢署曾昭愷主任檢察官擔任召集人，鎖定台南縣市七大重點河川，研擬稽查機制，達成公害污染防制共識。
環保署於近日多次接獲民眾陳情台南市二仁溪支流三爺溪沿岸遺留燃燒後不可燃之電路匣廢棄物，及不法業者不當堆置廢鉛板等污染案，立即會同台南市環保局稽查屬實，將違規人依未妥善清理維護所有土地有礙環境衛生整潔，違反廢棄物清理法第11條第1款規定告發，並請環保警察追查不當堆置之貨源，現由台南地檢署檢察官指揮偵辦中。
環保署環境督察總隊南區督察大隊表示，大台南地區早期因二仁溪地下熔煉業違法處理有害廢棄物，造成環境嚴重污染，經該署大力拆除整頓後已恢復原有風貌。惟轄內河川污染仍時有所聞，該署張署長就任後十分重視本地區之環境污染現況，曾多次親臨視察並指示專案列管污染源展開強力稽查。此次配合台南地檢署發動各權責單位、環保團體簽署共同防制環境污染結盟，已獲民眾即時回響。該署呼籲民眾如發現污染情事請打免付費報案電話0800-066666由專人24小時接聽並鍵入電腦資料專案列管追蹤，以維護優質生活環境。