艾利颱風侵台造成台北縣三重市及新莊市部分地區發生嚴重淹水災情。為了確保飲用水安全，行政院環境保護署已督促台北縣環保局加強飲用水水質抽驗工作。環保署同時呼籲該地區民眾應煮沸後飲用以確保安全。自來水公司公告停水地區，包括板新水廠供水區之台北縣蘆洲、五股、八里、泰山、樹林、三峽、鶯歌等地區及因石門水庫洩洪導致濁度太高無法供水之桃園縣地區。
環保署表示，艾利颱風侵台至今日，累計各地方環保單位及自來水事業單位抽驗飲用水水質計一○六件數，均合格。另災後因原水中濁度增高，自來水公司處理時需增加氯量，除自來水中消毒水味較平時為重外，對人體並無影響，民眾仍然可安心飲用；用戶如擔心消毒水味道，可將自來水放置一段時間（約半天）後再煮沸，可降低消毒水味道。
環保署提醒民眾，颱風淹水地區應檢查蓄水池是否有污水滲入，如有應清洗消毒後，才可繼續蓄水使用。飲用井水或山泉水等簡易自來水用戶，管理單位於災後應清除水井或水池之污泥並洗刷乾淨，必要時施以消毒再重新使用，且飲用水應經過煮沸後才可飲用。