環保署表示；九十一年為河川整治年，將優先整治高屏溪、朴子溪、南崁溪、北港溪、中港溪、二仁溪、將軍溪、客雅溪及典寶溪。環保署九十一年編列七‧八億元辦理上述九條河川整治。針對上述河川特性，分別研擬重點工作，包括飲用水水源保護，民眾參與，流域髒亂點清除，垃圾場封閉復育，非點源污染控制，事業廢水管制。環保署並推動探討低污染養豬技術回收糞尿再利用，河川底泥現地處理技術，河川自然淨化技術等，應用於未來的整治工作上。
環保署說；初期目標為改善河川髒亂現況，美化淨化環境﹔最終目標希望在九十六年時，河川水體水質達成率達到六十％。