受到莫蘭蒂颱風強大風力影響，包括高雄港、安平港及金門縣西南海域均發生船舶擱淺事件。環保署全程密切掌握相關船隻應變處置狀況，期透過相關單位通力合作儘速化解本次危機。
環保署表示，擱淺於高雄西子灣的4艘漁船，由於擱淺地點位於高雄港區內，由臺灣港務股份有限公司高雄港務分公司執行相關應變作業，高雄市政府海洋局亦全程派員到場，船方也依現場指揮展開應變作業。由於4艘漁船周圍已有油污，高雄港務分公司已派員於外側布設攔油索，並要求船方派員於岸邊以吸油棉及汲油器進行除污作業。在擱淺船隻處理部分，富冠606號及富冠707號先規劃以拖船拖離，惟於今(15)晚上嘗試並未成功，海洋局及高雄港務分公司要求船方先進行富冠606號抽油作業，會持續至明(16)日上午，待下次大潮時期船方將再依序進行富冠606號及富冠707號拖船作業。至於順天606號及永興發168號因船體已傾倒，將優先請船方進行抽油，再執行船體移除作業。
另擱淺於金門西南海域的金門大陸籍「港泰台州號」貨輪，環保署也持續掌握現場狀況，依據金門縣環境保護局及海巡署金門岸巡隊現場監控回報，目前並無油污洩漏。大陸方面已派遣拖船至附近待命，將配合漲潮時期執行拖救作業。至於發生在臺南安平港的台閩之星碰撞東吉福氣號事件，安平港營業處已將船舶順利移至碼頭靠泊，並無發生海洋污染情事。
環保署呼籲民眾在船舶應變期間儘量勿前往事故現場，以免增加當地交通負荷致影響應變時效。該署也將持續掌握各項應變進度，與各單位共同努力完成污染控制，以維護當地海洋環境。