環保署為提升事業廢棄物管制資訊網的服務品質及資料安全性，自明（96）年1月1日起將「內政部自然人電子憑證」導入申報系統驗證機制，並持續開發更多的系統功能，以嘉惠廣大的申報業者，協助業者自主管理各項環保措施。
環保署表示，基於簡政便民的服務精神，致力推廣電子化政府與網路便民服務，自87年起開始推動國內事業廢棄物申報管制網路作業，以免除早年需以紙本申報寄送聯單的麻煩。該署建立單一入口網站「事業廢棄物管制資訊網」，提供業者網路申報及環保機關網路管制作業使用，每日使用人次已達2萬人次，並掌握5萬家事業基本資料，且紀錄約3,000萬筆以上的申報資料。環保署說，由於資料庫資料涉及全國事業機構的基本資料及申報資料，因此必須推動使用自然人憑證來審慎檢核使用者身分，並建置使用者登入系統行為紀錄，以防止機密資料外洩。
環保署說，自今（95）年9月於申報端開發勾稽查詢加值系統以來頗受好評，業者可以隨時檢視申報資料的合理性，有助提升業者自主管理並積極守法。惟有部分業者反應該項加值系統功能強大，應僅供事業授權的專人始可使用以保障事業之商業機密，故環保署將自明年起規定僅提供經授權之專人且已取得內政部「自然人電子憑證」登入驗證身份的人員始可使用，原管制編號/密碼登入機制仍然可應用於申報作業，未來也將視使用情形陸續規劃開發其他加值功能。有意使用此項加值功能的業者，可於各大資訊產品賣場購置晶片卡讀卡機，並儘早指派授權人員向內政部憑證管理中心申請「自然人電子憑證」（http://moica.nat.gov.tw/）。此外，環保署表示，當業者授權專人以自然人電子憑證登錄進行申報作業時，雖然是由該名人員名義申請自然人電子憑證，但仍是代表該公司進行申報，如有申報違規的情形，依法仍將處分該公司，因此業者仍應妥善管理廠內的廢棄物清理及申報等各項作業，以免受罰。
使用電子憑證取代傳統的帳號/密碼登入方式已是時代所趨，無論是金融卡、信用卡或其他需要較嚴謹管制的各項服務皆已使用內含電子憑證的晶片卡，目前所有登入管制中心系統之500位環保人員皆已自然人憑證驗證以保障廠商權益。環保署呼籲，請業者儘早踴躍申請自然人電子憑證，以享有更安全的登錄機制及更多的服務。相關問題可查詢事業廢棄物管制資訊網（waste.epa.gov.tw），或於上班時間撥打免付費專線0800-059-777洽詢。