針對中國時報14日報載二仁溪堤防工程發現廢棄物，環保署卻下令第六河川局不得隨意搬動一事。環保署強調，並無此事。
環保署表示，對於二仁溪沿岸廢棄物棄置問題環保署十分重視。環保署於2006年補助高雄縣政府清除處理白砂崙及圍仔內公有地約4,800噸含重金屬有害事業廢棄物，清除場址並由民間團體認養復育。有關二仁溪沿岸其他私有地上，以往非法棄置的廢棄物，環保署除函請縣市環保局查處，並依廢棄物清理法規定，責令責任人清理外，並補助台南縣環保局、高雄縣環保局及台南市環保局共553萬元，進行沿岸廢棄物棄置地點的細部調查與清理規劃。
環保署進一步表示，為改善二仁溪污染問題，定期邀請相關政府及民間團體，召開「二仁溪污染整治小組及再生願景聯繫會報」。於第7次會議上，特別請第六河川局在辦理堤防整建工程時，確實監工，管理工地及包商，不可污染環境，如發現廢棄物時，應通報當地環保局，由環保局邀請專家及相關單位現勘後，研擬後續處理措施。
為避免堤防工程開挖的廢棄物暫置產生二次污染問題，環保署建議暫置的廢棄物集中貯存地點，如就近設置於工區範圍，且未涉及廢棄物處理行為，可逕行以太空包裝填後集中。集中貯存地點如於工區外，廢棄物須由運輸車輛載運時，清除過程應符合廢棄物清理法規定。另貯存設施及方法，應依事業廢棄貯存清除處理方法及設施標準的規定。並無報載環保署下令第六河川局不得隨意搬動工程開挖廢棄物之情事。