有關媒體報導桃園地區枯旱期間河川稀釋能力減少，工業區又排放未處理廢水，影響灌溉渠道水質，行政院環保署表示，工業區等事業廢水管制向為該署重點工作之一，以九十一年為例桃園縣計稽查一、二五六廠次，處分二八○廠次，罰款一、二八一萬元。
查桃園縣七處設置聯合污水處理廠之工業區，係將處理後放流水排入河川，且依水污染防治法規定，事業若需將放流水排入灌排渠道，需先經過農田水利會之同意才可據以申請排放許可證，並經環保單位嚴格審查後發證。
環保署表示，旱象期間將督促環保機關加強稽查管制放流水排放情形，尤其是經農田水利會同意搭排放流水於灌溉渠道的事業更列為稽查重點，環保署也呼籲民眾協助，若發現有工廠排放未經處理之廢水，請即告知環保陳情報案專線0800066666，環保署與地方環保局將立即派人進行稽查處分，要求廠商改善。至於灌溉水量不足，致農民取用工廠放流水灌溉，亦應注意水質是否適合灌溉水質，以免污染農地。