查察河川暗管及事業偷排是環保署今（九十二）年度執行十三條流域污染整治最重要的工作之一，截至五月底止，總計稽查三、四三一廠次，總計查獲四十三處暗管或偷排、三十五廠次無許可排放、水質及其他不合格者一六三廠次。其中七家事業處停工、完成封管七廠次、二位工廠負責人移送法辦、六廠次處最高六十萬元罰款及二一三廠次處六萬元以上罰款，偷排廢水及未許可排放者，均要求將放流口告示牌由廠區內改設於廠區外進入承受水體處。
四十三處暗管中有十處是透過結合河川志工巡守舉發而查獲，其餘則是環保署結合地方環保機關專案查獲，不但需要深入雜草叢生、人煙罕至的地方抽絲剝繭，更需要跋涉含有強酸及重金屬廢水，溯溪查察暗管，對於這些重大污染的廠商，環保署一律要求將非法管線公告封管或排除，查獲的不法廠商除依法重罰外，對情節重大者，必要時予以停工處分。
根據環保署統計資料顯示，稽查數前三名為：台南縣、雲林縣及桃園縣，處分停工及公告封管或移除以台南縣第一，而重罰六十萬元及處罰次數則以桃園縣居首，另高雄縣及彰化縣分別有一件負責人移送法辦，整體而言，以台南縣及桃園縣在今年度前五個月表現最佳，環保署指出，今年度水污染防治工作績效考核，將以重點流域污染整治工作執行績效，為評比最重要的指標，未來七個月各縣市仍有展現執行力的空間，表現好的應繼續保持，而目前成效稍差者，應多加努力迎頭趕上。
環保署同時指出，此次成果由民眾參與志工巡守舉發暗管的成果約佔總成果的二成三，顯示民眾團結抗暗管，保衛家鄉河川水質，能發揮具體明顯的成效，環保署對舉發河川重大污染的志工，已推薦四個檢舉案件送「獎勵人民舉發污染案件」評選委員會審查，經認可最高可頒給二十萬元獎金。
目前環保署已針對十三條重點河川，輔導各縣市政府成立巡守隊，並已投入河川巡守工作，另全天候二十四小時專案查察的工作也陸續展開，將結合志工巡守與專案查察形成稽查網遏止暗管排放。環保署指出，一般性的採樣稽查工作，已經無法真正管制事業正常操作廢水處理設施，不法廠商會利用各種手法偷排廢水，根據環保署歸納查獲的暗管具有下列特色：將管線深埋地下及雨水涵洞中、延長排放管線至雜草叢生人煙罕至處、利用夜間大量偷排等特色，環保署呼籲民眾於平日郊外踏青或到河川附近休閒活動時多加注意，發現可疑排放管逕向當地環保局或環保署舉發（公害陳情專線：0800066666），查獲污染源將有機會獲得獎勵。
環保署指出，暗管偷排的承受水體，許多是具有灌溉的水體用途，許多民眾引水灌溉及澆菜使用，污染物透過作物的吸收經過食物鏈，將影響民眾健康。環保署呼籲廠商應確實做好廢水處理的工作，偷排強酸、強鹼及重金屬的廢水對河川的傷害，猶如SARS病毒對人體健康的傷害，環保機關將全力查暗管，以保護河川水質及國民健康。