環保署自91年開始進行農地污染調查及污染整治，全國總共公告列管污染農地1719筆401.76公頃，經政府撥款2億8,600萬元改善，已解除列管共1198筆291.2公頃。僅餘110.56公頃未完成改善，各相關縣市環保局正持續進行改善中。
環保署在91年完成之「319公頃農地土壤重金屬調查與場址列管計畫」中，超過土壤污染重金屬管制標準的農地面積為259.37公頃，之後環保機關又陸續發現污染農地541筆142.39公頃。截至95年9月底，全國累計列管全國總共公告列管污染農地1719筆401.76公頃。經環保署補助各縣市2億8,600萬元辦理污染改善及地力回復，自93年6月，已經陸續完成整治並解除列管農地共1198筆291.2公頃，其中91年所發現的污染農地改善完成率已達到95%。
為了避免污染再度發生，環保署並與農委會合作，協助農田水利會清除處理灌溉溝渠的污染底泥，避免污染物再釋出流入農地，污泥的處理費用達2,800萬元。環保署亦就污染源管制執行「水污染重點稽查行動計畫」，自94年1月統計至95年8月底止共計在彰化地區查核1396次，告發150件；同時協調工業局配合積極推動輔導電鍍業及金屬表面處理業遷入工業區，以減少污染排放，經統計申請進駐工業區廠家數計28家，已設廠11家，建廠中計9家，尚未建廠計8家。
環保署並在中部地區污染農地進行以植物移除重金屬的研究，依據植物生長狀態與吸收重金屬能力，篩選出適合之植物包括仙丹花、美女櫻、五彩石竹、麒麟花、長壽花、鵝掌藤、馬齒莧、變葉木、六月雪、美人蕉、孔雀草及向日葵等12種。另外環保署並與彰化縣環保局合作試種能源作物大豆、評估其製成生質柴油之可行性。環保署表示，污染區種植花卉植物及能源作物可以達到移除重金屬的目的，並改善生態體系。除可增加農民收入外，並可促進污染區農地再利用、農企業轉型及節省水資源等功能。
環保署強調，未來該署仍將持續加強督促及協助地方政府加強污染源管制稽查及進行污染農地改善工作外，並將與農委會密切合作，促進污染農地的再利用。