高雄港進出港區的船舶每年達3萬多艘次，產生船舶廢油、廢水每年約4萬公噸，港區合法清除業有5家登記為海陸域清除作業。經環保署南區環境督察大隊強力稽查發現，有業者違規利用工作船，貯存或轉運船舶廢油廢水，均分別依違反廢棄物清理法第42條規定，予以告發處分。
環保署表示，為有效解決港區船舶廢油廢水清理作業，並符合國際船油污染公約精神，政府自89年起即積極輔導民間合格清除業者，並依據廢棄物清理法第31條規定，業者應以網路傳輸方式申報廢棄物之產出、貯存、清除、處理情形。南區環境督察大隊稽查人員發現，高雄港區廢油廢水的清除數量和處理數量明顯差距，有延宕處理造成貯存情事，於是逐一清查5家清除業者，其中有4家，將抽除的廢油廢水暫存在無動力的工作船，停泊於漁港內，欲除油時再以拖船拖至指定的碼頭起卸；或是直接拖移工作船，進入港區收取廢油廢水。此一營運方式，已違反廢棄物貯存與轉運行為。
南區環境督察大隊指出，船舶廢油廢水清除業者所使用的「廢油廢水船」，為清除載運機具，應依規定登記許可才能使用。目前有2家業者向高雄港務局租用前鎮河南岸碼頭起卸廢油廢水，未租有碼頭的業者，統一指定在高雄港10號碼頭北側臨河南岸，起卸廢油廢水，作業完成後應該以空船狀態停泊好，不得擅自於船舶上貯存廢油廢水，以避免造成油污染。
環保署表示：公民營清除處理機構如欲設置貯存或轉運站，應依公民營清除處理機構許可管理辦法第9條第1項規定，檢具相關文件向核發機關提出申請後，始得從事廢棄物貯存或轉運行為，否則將依違反廢棄物清理法第42條規定予以處分。