環保署於95年12月14日修正發布「事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準」，其中生物醫療廢棄物的管理有大幅度的修正，此外，增訂廢棄物標示採自動辨識電子或光學標籤者可簡化標示，對於有害事業廢棄物的暫貯規定縮短為一年，並增訂廢藥品、戴奧辛及廢毒性化學物質等應先經過特定的中間處理等規定。
環保署表示，本次修法對於生物醫療廢棄物的清除處理有大幅度的修正，配合有害事業廢棄物認定標準的修正，已將生物醫療廢棄物，區分為基因毒性、尖銳性及感染性等三大類，醫療院所或生物科技研究機構等必須依照新的規定，在廢棄物產生源先進行分類，並依據新的分類包裝規定，以廢棄物處理方法作區分，採滅菌處理的廢棄物用黃色包裝，其他採焚化、熔融等高溫處理的廢棄物則用紅色包裝，可由包裝顏色辨別後段的處理方式，避免不同類廢棄物合併清運處理過程的潛在危害。
另外，環保署為回應醫療院所長期反應廢棄物只能貯存7天的規定過於嚴苛，本次法規修正參考歐美國家做法，增加感染性廢棄物於攝氏零度以下冷凍，最長可以貯存30天的規定。但環保署強調，基於公共衛生的考量，診所如果有產生細菌培養物、病理組織等廢棄物，仍應儘速清運。
環保署表示，在事業廢棄物包裝標示規定也有新的調整，對於業者如果採用自動辨識電子或光學標籤（例如RFID等）標示廢棄物，因該標籤可清楚掌握廢棄物流向及辨識廢棄物內容，環保署也給予了方便措施，可以簡化該批廢棄物的標示，以鼓勵業者使用。
另事業廢棄物處理容量及處理品質一直是事業廢棄物管理之首要工作，由統計資料顯示，現今每年約有200多萬噸之處理餘裕容量，由於處理容量問題已解決，因此，對於有害事業廢棄物的貯存期限由以前規定的二年縮短為一年，避免因業者暫存過久產生潛在的危害。另為提升事業廢棄物處理品質，環保署增訂廢藥品、戴奧辛及廢毒性化學物質等廢棄物的中間處理技術，對於民眾疑慮之戴奧辛有害事業廢棄物，本次修正規定戴奧辛有害事業廢棄物必須先經高溫熱處理，避免對人體健康或環境產生危害風險。
環保署表示，事業廢棄物如要進入代清除處理機構設置的衛生掩埋場掩埋時，必須符合進場管制基準，才可以掩埋，若未符合管制基準，此廢棄物必須先經過中間處理；此管制基準環保署將於近期內依行業、製程、廢棄物種類、處理方法及有害物質管制分別訂定，以保護掩埋場不受污染。
為避免因法規修正對業者直接產生衝擊並保障人民權益，環保署表示，會給業者1年內改善的緩衝因應，並將持續進行法規宣導與查核，使業者務必落實執行相關規定。