針對南投及雲林垃圾堆置問題，環保署表示，垃圾處理本屬地方權責，長期依靠外縣市焚化爐已無法解決，地方既有掩埋設施容量應優先充分運用，環保署也會協助地方籌建自有處理設施，解決垃圾問題。
環保署表示，南投縣未興設焚化爐，雲林縣林內焚化廠因涉環評及商務仲裁問題未啟用，因此環保署多年來協助調度這兩縣垃圾到有焚化廠縣市處理，但是垃圾處理依法屬地方權責，南投及雲林轄內掩埋場仍有容量，長期未有效利用，地方政府應加強協調鄉鎮公所，優先運用既有容量，環保署除補助垃圾推平覆土妥善堆置外，同時也協助地方透過垃圾篩分，將高熱值的部分篩出，以備將來可以直接做為輔助燃料用途，減少垃圾未來對焚化廠的倚賴。
環保署表示，雲林縣的部分，環保署近三年總計核定補助縣府約2億辦理掩埋場改善、打包、垃圾分選及產製衍生燃料等工作，後續將責成縣政府積極協調運用既有掩埋場空間，妥善暫置垃圾並及進行篩分，雲林縣過去成功以機械分選將垃圾轉製成輔助燃料的方式，環保署將持續補助擴大辦理。
南投縣的部分，環保署近三年核定補助縣府總計達2.1億辦理垃圾轉運、打包篩分及掩埋場改善等工作，後續將責成縣府積極協調運用轄內掩埋場容量，妥善暫置垃圾並及進行篩分，並以將來可供作工業輔助燃料為目標。縣府規劃籌設綠能中心計畫及縣長對外表示將興建自有熱處理設施，亦請儘速提出具體興辦計畫，中央也會給予協助。
環保署最後強調，南投及雲林垃圾問題，中央已提供相當多的經費補助，長期而言，地方政府應加速籌建自主的處理設施，同時加強民眾宣導，落實資源回收垃圾減量，減少垃圾處理負擔。