為維護改善河川水質，創造良好的生活環境，環保署郝署長於九十一年初宣示該年為河川污染整治年，選定淡水河、南崁溪、客雅溪、中港溪、烏溪、北港溪、朴子溪、將軍溪、鹽水溪、二仁溪、典寶溪、鳳山溪及高屏溪等十三條河川優先整治。九十一年度投入河川流域污染整治的經費總計為五億八千五百萬元，經一年的努力，已獲致明顯成效，其中朴子溪溶氧的水質標準達成率，九十年為百分之五十二，九十一年已提升至百分之七十一；北港溪氨氮的水質標準達成率，九十年為百分之二，九十一年已提升至百分之十一；而高屏溪生化需氧量水質標準達成率，九十年為百分之四十四，九十一年已提升至百分之五十二，水質狀況均已獲相當程度的提升。該署九十二年度將再投入經費約八億九千五百萬元，持續推動該項工作，民眾在不久的將來，即可見到更豐碩的成果。
環保署表示，河川整治年各河川的整治內容，係依據各河段重要性及污染源特性，擬定具體可行的措施；各河川之污染整治內容，包括河岸綠美化、生態園區與親水空間設置、保護飲用水水源、維護改善河川水質、垃圾及環境髒亂點清理、民眾參與教育宣導目標等。
親水空間建設部分，九十一年度二重疏洪道累計完成三二四公頃河川高灘地綠美化，並已開放提供民眾使用，深獲好評。另於高屏溪完成鹽埔及隘寮堤防等二處綠美化計五.七公頃，於南崁溪等六流域完成八處約三十七公頃的規劃或細部設計，預計九十二年起即可陸續施工。 另設置生態園區進行保育工作，目前已經完成朴子溪、將軍溪、高屏溪等三流域河口紅樹林生態園區復育共十五公頃，其餘尚辦理客雅溪、中港溪、二仁溪等三流域計十處之規劃，預計九十二年起可陸續施工。
為保護飲用水水源水質，已完成朴子溪上游非點源污染截流示範場設置，收集○.六公頃聚落及茶園之初期暴雨逕流，可阻截百分之七十的懸浮固體及百分之四十的營養鹽進入水體。另並完成高屏溪美濃鎮及埔羌溪排水等二處非點源污染防治示範場規劃工作，合計可收集約二十公頃果園、鴨寮及聚落初期暴雨逕流進入水體，預定於九十四年設置完成。而為維持高屏溪等五大流域水源保護區養豬依法拆除補償工作成果，已完成水源區內五○○幅航照圖拍攝與地理資料庫建置，涵蓋面積約三十六萬公頃，經持續稽查，並無養豬復養情形。
生活污水為河川污染主要來源之一，環保署已協請內政部加速各流域內污水下水道系統建設工作，計包括南崁溪桃園市等二十處下水道系統。於下水道尚未規劃的區域，環保署則推廣自然淨化工法處理生活污水及截流水體，計於南崁溪等四流域五處推廣生活污水處理，包括南崁溪蘆竹段、將軍溪麻豆鎮港尾社區、二仁溪灣裡社區與大甲社區，及中港溪田美飲用水水源水質保護區等，辦理生活污水設施規劃。河水截流處理則包括朴子溪中洋子高灘地漫流工程、將軍溪埤頭排水曝氣氧化塘、二仁溪三爺溪曝氣氧化塘及高屏溪武洛溪排水曝氣氧化塘等四處。
為維護改善河川水質，降低事業污染量為必要手段，九十一年度環保署更新事業稽查管制手法，運用科技儀器協助加強流域內事業稽查管制，於南崁溪等五流域試辦遠距監控系統計八組，另於中港溪等七流域成立九十一隊志工巡守隊，協助防治污染行為，有效遏止非法傾棄廢棄物及排放廢污水。此外，各河川的特殊污染源稽查管制工作亦持續加強推動，九十一度南崁溪計查獲七支暗管並予封管；客雅溪、中港溪查獲二支暗管並全數封閉；二仁溪支流三爺溪查獲十三支不明排放管，十一支責由事業改善，二支封管；典寶溪查獲非法排放五家，除依法告發處分外，二家違章工廠並移建管單位處理；鳳山溪查獲未列管皮革廠一家及不明排放管十一支，並全數封閉。高屏溪以陸空聯合稽查砂石場，並請高屏溪流域管理委員會對砂石業加強稽查，至九十一年度計稽查一三七場次。
除於法令面加強事業稽查管制，環保署並於畜牧業推廣低污染豬糞尿處理技術，以削減畜牧污染量。包括於將軍溪、二仁溪二流域推動多元化輔導改善措施，並完成畜牧業豬糞尿收集、運送實場運作示範，及「養豬廢水輔導手冊」提供農民參考。另為提高畜牧業廢水處理設施開機率，同時於南崁溪等七流域加強輔導管制，以期全面降低畜牧業之污染。
另為改善水岸環境並保障生物棲地安全，九十一年度於南崁溪等十一流域清除約九萬一千噸的垃圾及廢棄物；並於高屏溪等六流域計十二處，辦理停用河川行水區垃圾場的封閉及復育。
民眾參與及教育宣導方面，九十一年度完成種子教師訓練營、河川生態研習營十二場次，設置生態教室一處，生活污染減量宣導會五十場次，親水活動三場次，淨灘活動十場次。另於烏溪等四流域重要地點推廣設置五處電子看板，使民眾可隨時了解河川水質。
環保署強調，九十一年度河川污染整治工作，由於中央及地方各級政府環保、水利、建設、農業等單位的相互配合，及各縣市首長的支持，方得以順利推動，獲致明顯成果(如附表)。環保署除完成前開成果及規劃，並將於九十二年大幅展開相關工程計畫。展望未來，預計將有更多的措施會陸續執行，民眾可望見到更多成果，河川水質亦能逐年改善。