99年7月25日晚間7時58分台塑石化股份有限公司麥寮一廠輕油廠M06第二套重油加氫脫硫程序發生火災，毀損設備為常壓分餾塔及柴油氣提塔等。環保署表示依據中央與地方分工，雲林縣環保局引據空氣污染防制法第31條規定處分，命該製程立即停工，並將考量以最高罰鍰100萬元從嚴處罰。對於台塑六輕再度發生大火事件，環保署要求雲林縣政府整合環保局及勞檢單位儘速對台塑石化股份有限公司嚴格進行相關缺失檢討、處分及要求改善工作，以維護民眾生活健康。
環保署表示，事發當時雲林縣環保局駐麥寮人員立即於下風處進行事件查處及空氣樣品採樣。環保署毒災應變隊於事發當晚8時31分接獲雲林縣消防局通報火災事故，並立即整備趕赴現場，初步了解並無毒災情形。於凌晨12時50分雲林縣環保局提出支援請求，應變隊在1時 59分於現場啟動監測及採樣，初步量測出甲基苯乙烯1.4ppm及甲苯1.3ppm，皆低於勞工作業環境空氣中有害物容許濃度標準50ppm。另雲林縣環保局亦採樣分析，分析結果預定一週完成，將作為污染空氣品質之判定及處分依據。
環保署表示，本次事件該署除提供雲林縣政府協助之外，中區督察大隊將持續督導地方政府本案辦理情形。並密切追蹤雲林縣環保局督促六輕確實於復工前做好空氣污染防制措施，依空氣污染防制法第83條規定，檢具試車計畫，向雲林縣環保局申請試車，經核准後，始得進行試車；並於試車期限屆滿前，檢具符合排放標準之證明文件，報經雲林縣環保局評鑑合格後，始得恢復操作或復工（業）。
環保署表示依據空氣污染防制法規定，地方政府負責稽查取締及處分工作，中央政府為督導及協助地方政府執行前述工作，在高雄縣大寮空污事件發生後，環保署即執行空氣污染事件應變處理標準作業，要求各地方環保單位依據作業規定執行事件查處及通報，此次事件環保署及雲林縣環保局已依相關作業規定行動。