環保署清查二仁溪流域沿岸有潛在污染性的土地，繼前期二仁溪出海口往上游12公里處125筆地號土地調查並確定19筆地號污染場址後，擴大針對二仁溪流域沿岸62.5公里高污染潛勢之調查場址進行調查查證工作。41 處調查場址中有75 筆地號，其中14 筆號土壤超過土壤污染管制標準、2 筆地號超過地下水污染管制標準及29 筆地號發現廢棄物，其中10 筆地號含有害事業廢棄物。
經由調查成果瞭解二仁溪流域土壤污染主要集中於港尾溝溪匯入二仁溪主流及三爺溪匯入二仁溪主流附近，包含台南巿南區、台南縣仁德鄉南部及高雄縣茄萣鄉等3 鄉鎮；地下水污染集中於二仁溪主流北岸港尾溝溪至三爺溪之間，包含台南縣仁德鄉南部；而有害事業廢棄物非法棄置場址則主要集中於二仁溪主流北岸與港尾溝溪匯流口至出海口間，包含台南巿南區及台南縣仁德鄉南部。
本次調查場址中有10處已確定土壤或地下水污染場址，包含台南巿南區舉喜段3筆地號（鎳、銅、鉛、鉻、砷達管制標準）、台南巿南區同安段2筆地號（銅、鉛達管制標準）、台南巿南區南山段1筆地號（銅、鋅達管制標準）、台南縣仁德鄉大甲段1筆地號（銅達管制標準）、台南縣仁德鄉大甲段1筆地號除土壤（鎳、銅、鋅、鉛、鎘）污染外，地下水也有遭受鉛污染之虞、台南縣仁德鄉大甲段1筆地號（鎳、鋅、鉛達管制標準）、台南縣仁德鄉大甲段1筆地號（鎳、銅、鋅、鎘、鉻達管制標準）、台南縣仁德鄉車路墘段1筆地號（銅達管制標準）、台南縣仁德鄉公園段1筆地號（鎳、銅、鋅、鉛、鉻達管制標準）及高雄縣茄萣鄉白砂崙段1筆地號等。【資料彙整如附表】
該批場址污染主要是屬於重金屬污染型態。對於該批場址處理方式，環保署表示，後續已移請各縣巿政府逕行公告為污染控制場址或要求地主限期完成污染改善，但為避免污染擴大，環保署已經責成地方環保局應立即確實查察場址附近是否有居民使用地下水、種植食用作物或養殖等情形，如有發現應採取必要措施。