環保署已於10月17日預告修正「公民營廢棄物清除處理機構申請許可案件收費標準」，其中包括多項便民措施，如清除機構清除許可證展延或變更（未涉及貯存場或轉運站者）申請案件收費將考量減半，清除車輛汰舊換新、重新領牌、車輛增加或減少的變更等案件，亦將考量不必收費。該收費標準修正草案亦詳載於環保署網站（網址：http://www.epa.gov.tw/epalaw）法規命令草案預告區網頁，歡迎各界踴躍提供意見及修正建議。
環保署表示，「公民營廢棄物清除處理機構申請許可案件收費標準」於民國91年1月2日發布施行，迄今已歷三年有餘。於實際執行中對於申請案件審查費的收費方式、收費時機、收費價格及申請部分內容變更的申請案收費標準的合理性曾有不同意見。為釐清各種不同類型廢棄物清除處理機構申請許可案件的收費標準，將參酌財政部發布施行的規費法，檢討修正該收費標準。
本次修正的重點包括（1）增訂申請各項申請許可案件的審查費繳納時機規定；（2）增訂各種許可證展延或變更案件的審查費收費標準；（3）增訂申請同意設置文件及各種許可證的展延及變更時，如主管機關予以合併審查，則申請人毋需分別繳納審查費；（4）增訂清除車輛汰舊換新、重新申領新牌、數量增加或減少的申請案件收費標準；（5）增訂清理機構如申請許可證的變更僅涉及清除業務的事項，而未涉及處理業務的事項時，其審查費則比照清除機構的收費標準辦理；（6）增訂申請許可案件經審核決定予以駁回後，如申請人再提申請案，則應視為新申請案，依規定應再繳納審查費。
對於未設置貯存場或轉運站的清除機構而言，其清除許可證展延或變更的收費將考量減半，如甲級清除機構將由2萬5千元調降為1萬2千元，乙級及丙級清除機構將由1萬5千元調降為7千元。
有關公民營廢棄物清除機構、清理機構清除車輛汰舊換新、重新申領新牌、數量增加或減少，如不影響原許可清除的廢棄物種類及數量者，將不再要求業者繳納審查費。惟如申請事項或清除車輛機具變動致影響原許可的廢棄物種類及數量者，業者仍應依規定繳納審查費。