針對民進黨立委與部份環保團體明日擬召開記者會，宣布烏山頭水庫水源有遭污染疑慮，邀請出席共商危機處理乙案，環保署表示，不便出席該記者會。其理由如下：
上述環保團體一向懷疑剛興建完成尚未營運的的臺南縣東山鄉永揚廢棄物處理場，雖然設在烏山頭水庫的集水區外，仍然會污染烏山頭水庫水源。並向臺南縣政府要求不得營運，爭議多年未果而轉向法院訴訟。由於該案環境影響評估報告審查通過及核准營運均係臺南縣政府的權責範圍，環保署基於協助地方釐清爭議的立場，於98年3月主動協調，建議由爭議各方團體，分別推薦具相關專長專家，於98年5月建立「公民參與、資訊公開」及獨立運作的專家會議平台。透過價值中立、客觀的科學調查及研討澄清「事實真相」。
在第一階段經由專家會議平台評選公正第三者，重新辦理現場地質調查作業，已獲致該場址確如環保團體所主張，有「斷層裂隙帶」通過之共識結論。此為環保團體及開發單位等爭議各方，均已表示可接受的具體成果。故環保署建置中立客觀的「專家會議」決策參與機制，其功能是經得起考驗的。
目前專家會議在第二階段，正處理地下水是否進入烏山頭水庫的爭議，並請環保署土基會協助採取地下水監測井的樣本進行檢驗，提供專家會議研判。詎料，環保團體不尊重自己推薦專家參與的專家會議，在檢測數據未經專家會議討論前，逕自以不正確的研判與論述，於日前召開記者會，散布誤導民眾「以為烏山頭水庫供應的飲用水已受污染」的訊息。如今，未待專家平台進行研析及開會公開研討的結果呈現，又要再次召開記者會，對於此項會破壞專家會議機制、不尊重專業的作法，環保署表示無法認同，不便出席該記者會。
環保署並建議，如環保團體對現有專家會議平台所具專長，處理其疑慮事項的適當性有所質疑，環保署願邀請消費者文教基金會、環保團體、自來水公司、當地社區代表及國民黨與民進黨兩黨的立法院黨團，分別再推薦其信任專家，另組烏山頭飲用水專家會議的平台，對本案環團的地下水水質質疑、及是否有其擔心的飲用水危機事項，由專家會議獨立及中立地討論，建立專業共識，提供社會正確的解答。
專家會議在決定該場址，對地下水污染風險大小的過程中，要求將環保團體、開發單位歷來地下水檢測數據，再加上本署98年12月於場址周圍水井補充檢測結果，進行彙整模擬分析，以供專家會議進行後續討論。部分環保團體在專家會議討論前，就自行解讀本署檢測數據，將缺乏專業共識、過度擔心的評斷結果，逕對外召開記者會，聲稱要為大台南地區要求用水健康安全，進行烏山頭水庫水源污染疑慮危機處理，提出多項非專業且不正確的陳述，恐造成民眾的疑慮與不安，環保署認為極不妥當。第6次專家會議將於99年2月11日召開，理應待會議後再公布的數據解讀，惟為澄清環保團體誤謬解讀之內容，不得不於會前，基於地下水學理、法令標準及合理解讀，先行在此說明如下：
環保署表示，水庫受污染疑慮是否形成危機，端視供民眾飲用的淨水廠出流水，是否符合飲用水標準而定，而非環保團體所陳述水庫水源集水區地下水之水質檢測結果。再者，檢測水井是否即為水庫水源，仍尚待相關機關或專家會議予以認定。依臺南縣環境保護局及自來水公司之烏山頭淨水場水源水質檢驗結果，飲用水水源水質標準列管項目（大腸桿菌群密度、氨氮、化學需氧量、總有機碳、砷、鉛、鎘、鉻、汞、硒）均合乎標準，且環保機關從96年至99年定期抽驗淨水場處理過後的清水水質結果，均合乎飲用水水質標準，民眾飲用水安全無慮。至於環保團體所指監測井水質氨氮、硫酸鹽、氯鹽、砷、鐵、錳、總溶解固體量超過飲用水管理條例限值等語，由於監測井的數據並不足以代表整體水庫水源水質，況且水庫水源中即使有少量上述物質，經過淨水場也都可處理至合乎飲用標準。
至於地下水檢測數據解讀部分，環保署自96年起持續監測永揚掩埋場址地下水質，並於98年12月擴大進行場址及周邊檢測作業，檢測範圍包含場址內10口井及環保團體於場址外設置之12口井。惟依環保團體提供之其設置之3口監測井構造紀錄及環保署勘查結果顯示，環保團體於場址外設置之監測井皆不符合該署「地下水水質監測井設置規範」，且環保團體於未事先告知環保署或臺南縣環境保護局的情況下，即逕設置監測井，以致環保機關無法到場確認施工品質，相關地下水質檢測結果僅具參考價值，無法直接與「地下水污染監測基準」及「地下水污染管制基準」比較。
該次調查有關地下水質一般項目部分，場址內10口監測井普遍有總硬度（263~5,990 mg/L）、總溶解固體（1,820~37,900 mg/L）、氯鹽（251~24,000 mg/L）、氨氮（8.38~49.3 mg/L）濃度及導電度（3,570~55,300 μmho/cm）較高，而場址外174縣道南側4口監測井總硬度（83.8~3,250 mg/L）、總溶解固體（1,150~16,900 mg/L）、氯鹽（38.8~9,800 mg/L）、氨氮（2.6~28.5 mg/L）濃度及導電度（1,760~28,100 μmho/cm）大致低於場址內監測井的濃度。推測該區域多種植果樹，施肥可能是造成地下水氨氮濃度偏高的原因之一，而台灣西南部部分泥岩地層氯含量相當高，可能是造成地下水氯鹽濃度及導電度偏高的原因之一。
另外，場址內地下水錳濃度範圍為N.D.~6.70 mg/L，場址外174縣道南側地下水錳濃度範圍為0.014~0.235 mg/L，大致上場址內濃度較場址外高；場址內地下水砷濃度範圍為N.D.~0.0679 mg/L，場址外174縣道南側地下水砷濃度範圍為0.0065~0.0565 mg/L；而場址內外地下水鐵濃度均未超過第二類地下水污染監測基準。經查鄰近場址的林鳳國小區域性監測井歷年監測資料，2009年4次定期檢測錳、砷、鐵的濃度範圍分別為2.54~2.66、0.0070~0.0139及1.10~2.05 mg/L，與場址內外地下水濃度相似，初步研判場址內外檢出之地下水錳、砷濃度係為環境背景值。
另該次調查結果檢出微量有機物部分，場址內10口監測井有1口檢出微量氯仿（第二類地下水污染管制標準的1/255）、6口檢出微量甲苯（第二類地下水污染管制標準的1/350~1/5700）、3口檢出微量氯乙烯（第二類地下水污染管制標準的1/5~1/21）。而174縣道南側4口監測井中，計有3口監測井檢出微量氯甲烷（第一類地下水管制標準的1/40）、1口檢出微量甲苯（第一類地下水管制標準的1/700），其濃度值皆遠低於管制標準。
環保署表示，永揚掩埋場內外共22口監測井，由於功能、井頂絕對高程、井徑、井深、井篩區間及取樣深度不盡相同，以致地下水樣品是否取自深度相同且水平向連通的同一含水層，有賴經驗豐富的學者專家以嚴謹的方法評析這些複雜的影響因子，環保團體不宜輕率地解讀檢測結果，以免誤判造成民眾不必要的恐慌。而屬於需獲得爭議各方信任推薦且中立客觀的專家詳細費時討論，以獲取專業共識的事，無法由環保署代表與環保團體或立法委員在記者會上進行討論，獲得共識。
因此，如環保團體對現有專家會議平台所具專長，處理其疑慮事項的適當性有所質疑，環保署願邀請消費者文教基金會、環保團體、自來水公司、當地社區代表及國民黨與民進黨兩黨的立法院黨團，分別再推薦其信任專家，另組烏山頭飲用水專家會議的平台，對本案環團的地下水水質質疑、是否有其擔心的飲用水危機事項，由專家會議獨立及中立地討論，建立專業共識，提供社會正確的解答。