近年來農委會及養豬團體關切畜牧業放流水標準過於嚴格，要求環保署檢討養豬業放流水標準。環保署表示，依放流水標準的規定，事業、公會或相關團體隨時都可以依法提出具體科學性數據、資料，供檢討修正放流水標準。也因為社會上有許多不同反應，環保署於九十一年與農委會達成協議，同意檢討畜牧業放流水標準。環保署除積極進行調查外，也委託學術機構檢討畜牧業放流水標準的妥適性。其目的是探討畜牧業在技術面、經濟面均合理可行的標準。
農委會及相關養豬團體訴求廢除化學需氧量管制，生化需氧量調整為300毫克/公升，懸浮固體調整為400毫克/公升。然環保署秉持公正客觀及保護環境大原則下，經將近一年的檢討、評估養豬戶處理技術，在較為正常操作農委會輔導設置的三段式廢水處理設施下，以80﹪養豬戶能符合的水質，作為修正化學需氧量的基礎，亦即由現行的250毫克/公升調整為600毫克/公升。而生化需氧量及懸浮固體，因處理技術並無困難，暫不調整，仍維持現行80及150毫克/公升標準。
環保署表示，該署維護全民良好環境的職責並未鬆動、轉變。環保署呼籲養豬戶要確實操作廢水處理設施，不要排放未經處理的廢水污染環境。