溫室氣體排放持續增加將對台灣海陸域生態造成衝擊。根據環保署本（92）年度委託台灣大學、海洋大學及中央大學組成研究團隊研究成果指出，堪稱台灣國寶的檜木林生態區潛在分佈地區將減少約六成，黑面琵鷺現有棲息地亦將有超過三分之一的棲地面積被海水淹沒，珊瑚物種豐富度將降低，甚至對溫度較敏感的珊瑚都會消失。
該研究涵蓋大氣科學、生物環境工程、森林、海洋、生命科學、水文科學、漁業科學、水產養殖等專業領域相關學者，進行氣候變遷對台灣地區陸/海域生態及農漁業的衝擊評估及調適策略建議，日前已完成初步成果報告。研究中評估從現在開始到2100年，其衝擊包括(一)台灣繁殖鳥類多樣性最高區域的面積約減損17%、特有種鳥類分布區域減損27%、兩生類的種數因年均溫的升高而全面減少、空間分布向種數較高的地區退縮且有分布破碎化的情形；(二)檜木林生態區位縮減，其潛在分佈地區約減少60％；(三)九九峰自然保留區及大武山穗花杉自然保留區之森林生態系將趨退化；(四)櫻花鈎吻鮭棲地將縮減，魚群數量亦將逐漸變少；(五)黑面琵鷺現有保護區超過1/3棲地面積將被海水淹沒，保護區功能將大為減低；(六)台灣海域大多數地區的珊瑚物種豐富度將明顯降低，對溫度較敏感的鹿角珊瑚及軸孔珊瑚都將消失，珊瑚群聚結構將因而改變等。
該報告並提出調適策略建議，陸域生態方面，建議相關單位應採取以下調適策略，包括(一)森林：建立台灣森林環境監測體系、發展台灣檜木林健康監測系統及加強檜木林生態系更新研究；(二) 生態保護區管理：改變定點保護策略、適時調整保護區邊界、珍貴物種移地繁殖、人工授粉/播種替代原有生態功能；(三)沿岸生物多樣性：將人類活動與衝擊區域隔開、維持原本土地利用型態、改變土地使用和區域發展計畫、禁止於海岸濕地進行開發活動、以利沿海生態系統向內陸移動、持續監測溪口海平面上升情形，並同時研究物種反應情形，以便適時提出可行方案；(四)櫻花鈎吻鮭：增加其生態與棲地相關研究與量測、徹底執行土地使用管制政策以保護棲地上游、發展完整櫻花鈎吻鮭保護與復育機制。
而對於海域生態部分，則針對未來氣候變遷和人為污染的雙重衝擊，建議採取以下調適策略，包括(一)珊瑚礁保育：選擇適當地點設立海洋保護區、防治海洋污染、進行珊瑚礁復育和種苗培育、針對特殊或稀有海洋生物資源進行培育、推展珊瑚礁生態相關研究和環境教育；(二)漁業管理：指定休漁措施、禁漁區設置、總容許漁獲量、建立漁民自律管理制度、建立漁場跨國區域管理合作機制、掌握漁場週期性變化、依氣候變動來改變水產養殖漁業之養殖方式、地域及放養時間。
依據聯合國氣候變遷政府間專家委員會（IPCC）所定溫室氣體排放情境，2100年全球大氣二氧化碳（CO2）濃度至少將達兩倍於工業革命前的水準時（280ppm），對台灣地區生態環境將造成嚴重衝擊。1990年至2100年全球平均溫度可能上升1.4~5.8℃。另外海水體積因熱膨脹、山岳冰河及格林蘭冰床融解，造成全球海平面以每年1.0~2.5 公厘速率上升，預測1990年至2100年全球海平面將上升0.09~0.88公尺。
台灣屬於亞熱帶的海島型自然環境，對於承受氣候變化的影響是非常脆弱的，特別易受衝擊的部份包括海平面上升、水資源不足、公共衛生、生態系統等。海平面上升後，直接造成海岸土地淹沒、海岸侵蝕及海岸線後退，沿海村落必須面臨遷移及接續的社會調適問題。而在水資源的衝擊方面，旱澇次數與程度的增加、水資源的不足，都將影響到民生與產業發展。由於CO2等溫室氣體濃度上升，植物光合作用增強，雖有助於森林與農作物成長，但氣溫上升，亦有利於病蟲害發展及病媒蚊傳播。然而對於生態環境的衝擊方面，未來長期趨勢亦多呈現出物種棲地面積縮減、族群減少或消失等多種負面衝擊。
由於氣候變遷的影響，除洪水、乾旱及聖嬰等極端氣候事件會立即造成自然與社會損害外，生態環境衝擊皆是以緩慢且不易察覺的速度在變遷著，但經年累月所累積的衝擊卻是不容忽視，影響層面極為廣泛。環保署呼籲國內相關部會及研究機構應及早重視此項議題，長期蒐集基礎資料及建置環境資料庫，以供各類模式測試分析及適當評估風險，全方位掌握變化趨勢與衝擊情況，據以研擬妥適因應策略，以減輕氣候變遷帶來的嚴重衝擊。