為使農地污染改善工作更具實質成效，對於部分沉積污染物質之灌溉底泥能妥善清除及處理，環保署協調農委會會同桃園、彰化、高雄等3農田水利會及環保局依灌溉溝渠底泥清除計畫，於斷水期間清除3縣21條圳道，共處理5,919公噸受污染之底泥，確保水體水質之清流。
環保署督導地方政府於95年1月底前完成清理桃園縣黃墘溪中福河水1給排、2給排、4給排、桃園大圳2支線2-9號池3主給、2支線2-10號池給水等5條渠道計1,817公噸之底泥；彰化縣劉厝圳第14主給、廖溝圳第5主給及新圳、新分北圳、大霞田支線及和平厝15主給、水尾支線小排、番雅溝支線、慶豐東圳、頭汴圳直灌8-1主給及頭汴圳8-4主給、水尾支線、和平厝支線27主給及大汴水橋支線等14條渠道計3,894公噸底泥及高雄縣曹公灌區及二仁湖灌區等207.23公噸之底泥。
環保署此次督導執行灌溉溝渠底泥污染追蹤及清理工作，對於沈疴已久之底泥澈底地清除、改善灌區水質，成果頗獲農民的肯定，為維護環境水體水質之清流，環保署將持續加強稽查管制、追查污染源，以落實環境永續利用、發展。