世大農化工廠股份有限公司為環保署「板新水源區水污染管制執行計畫」專案列管對象，桃園縣政府環境保護局94年分別於1月、5月、6月、8月、12月等5次，主動依「板新水源區水污染管制執行計畫」前往稽查，均未發現有製程廢水排放之情形。94年12月稽查時，依違反廢棄物清理法第36條（事業廢棄物之貯存、清除或處理方法及設施規定）告發。另94年12月13日桃園縣政府環境保護局會同桃園地檢署前往稽查，仍未發現有製程廢水排放之情形，。
環保署表示，依水污染防治法第30條規定，在水污染管制區內，不得有「使用農藥或化學肥料，致有污染主管機關指定之水體之虞」、「在水體或其沿岸規定距離內棄置垃圾、水肥、污泥、酸鹼廢液、建築廢料或其他污染物」等行為，本署將持續督促桃園縣政府環境保護局加強管制世大農化工廠股份有限公司，一旦發現有違反水污染防治法相關規定，將依法嚴處。
根據壹周刊登載該刊3次送驗之水質報告資料，如其檢測資料之品保/品管符合相關規定具可比對性，則依其水質報告顯示，均低於「放流水標準」、「地面水體分類及水質標準—保護人體健康基準」及「飲用水水源水質標準」；另依據台灣自來水公司水中殘餘農藥檢驗報告顯示，94年板新原水及清水，各項農藥值均為ND(無檢出)，因此，環保署研判，壹周刊登載3次送驗之水質報告資料，尚無影響人體健康風險之虞，詳細對照情形如附表。