環保署為達簡政便民，自95年起即積極推動空、水、廢、毒許可整合，包括整併12項許可基線資料及推動71,300家次事業e化申請，進行各類代碼及重複管制編號整併，及導入最新資訊技術(SOA)，並進行中央及地方縱向整合、跨部會及跨處室橫向整合等繁重工作，執行期間不斷克服種種困難，已順利於96年8月1日正式啟用空水廢毒管理資訊系統(EMS)，成為世界首創成功之整合，事業透過該「單一入口」e化線上申請作業，即可辦理各項許可證申請，簡化申辦流程。該措施日前榮獲政府服務品質獎之肯定。
行政院研究發展考核委員會為提升各級政府機關為民服務品質，創造優質服務環境，於近期辦理「政府服務品質獎」選拔活動。日前行政院環境保護署提報「空水廢毒許可整合計畫」參加該會辦理之第一屆「政府服務品質獎」，已榮獲服務規劃機關獎項最高榮譽之肯定及殊榮。
研考會辦理之第一屆「政府服務品質獎」經各級主管機關推薦150個機關參賽，其中「服務規劃機關」52個中，有12個機關入圍決審進行實地評審，最後有6個機關獲獎，而環保署提報之「空水廢毒許可整合計畫」在眾多績優機關中競爭角逐，並通過重重考驗，終榮獲此殊榮，實屬不易。
環保署強調，長期以來空、水、廢、毒污染物排放許可證之申請，因業務不同需業者分別至不同之資訊系統或以書面進行填報申請，造成業者需重複填寫相同基線資料及管制資料不一致，因此該署於95年2月16日成立「許可申報整合推動小組」，著手規劃最新環保資訊科技研發─空水廢毒管理資訊系統(EMS)，並於96年8月1日整合成功順利啟用，事業透過該「單一入口」e化線上申請作業，即可辦理各項許可證申請，大幅縮減業者之填報時間，充分達到簡政便民效益，更創造總體經濟效益每年高達9,000萬元，節省業者及政府支出。
環保署同時強調透過整體e化作業，整併完成之資源可為各界所分享，除嘉惠業者營運管理外，亦強化電子化政府服務，減少環保及審查機關審查作業及客服之人力成本，大幅提升行政管理效能，達到雙贏局面。EMS系統提供之污染關聯表，更可有效掌握空氣污染防制設備及水污染防治設施所收集及產出之集塵灰、廢液及污泥等廢棄物之產出量及清理流向，提升環保管制效益。
環保署表示，EMS系統(http://ems.epa.gov.tw)運作迄今，承蒙各縣市環保局的協助辦理及各業者提供寶貴意見，已使該系統不斷提升服務品質，受到各界肯定，截至目前為止，上網造訪及使用EMS系統的人數已累積至78萬人次，近三個月以來平均每日約3,600人次造訪，顯示該系統已普遍為各界所使用。而此次獲獎，該署除感謝所有規劃參與者及系統使用者外，更將秉持為民服務之理念，持續推動各項便民服務措施。