嘉南大圳為鹽水溪支流，原主要功能為農田水利灌溉排放渠道。但因時代變遷，此項功能已逐漸喪失。取而代之的是工業廢水與生活污水大量排入。大圳承受本已嚴重污染之鹽水溪水流，而流入台南市後，更因位於該市安南區和順工業區內工廠廢水直接排入，造成水質急遽惡化。
有鑑於此，環保署自94年起為配合鹽水溪流域污染防治，即將廢水排入該大圳之高污染事業(電鍍業、金屬表面處理業)列為重點督察稽查管制對象，積極稽查取締管制工作，該署南區督察大隊自本（97）年1月至9月計稽查203廠次，查獲違反環保法規告發57廠，勒令停工5廠，違反水污染防治法移送法辦2廠。在該署積極的管制下，水質污染情形正逐步的減輕與改善。
環保署表示，為消弭污染，該署業已針對鹽水溪訂定有專案稽查計畫，且與台南市政府及檢警配合，以有效打擊環保犯罪。該署呼籲事業單位應妥善維護操作廢水處理設施，不容許有偷排廢水、非法棄置等行為；民眾若發現有污染情事，請立即向當地環保局或環保署舉發（公害陳情專線：0800-066666），環保單位將立即派員前往稽查遏止污染情事。