6日凌晨3時57分臺灣南部地區發生規模6.4的強震，中央災害應變中心即時開設，環保署同步成立應變小組全力協助民眾災後環境清理。
環保署協助地方救災事項，包括災後環境清理消毒、飲用水安全、廢棄物清除及檢查相關毒性化學物質貯運設施安全，業者已加強污染防制設施之檢視及必要的維修，目前確認均正常運作，尚無環境污染之虞。
環保署應臺南市永康區請求支援15部機具，包括倾卸式卡車6部、抓斗車5部、鏟裝車4部，已於2月7日完成點交臺南市環保局配合工務局統一作業。現場開挖之物品涉及民眾財產，由該市工務局統一蒐集，供民眾認領後，剩餘物則積極清運。
針對供水站及恢復供水區水質抽驗工作，以維飲用水安全，至2月9日中午（12時）止自來水事業累計抽驗75件、環保單位累計抽驗56件，已檢驗完畢之樣品均合格，目前仍未正常供水戶已由40萬戶降至5萬戶，已積極由自來水公司持續搶修中。
環保署再次提醒民眾環境清理時要注意：(一)將易腐敗、發臭的垃圾與大型廢棄物分開清理；(二)室內消毒，民眾可購買坊間市售家用漂白水，依標示適當稀釋(例：1份漂白水加99份水稀釋)進行消毒；(三)清除戶外積水容器，以避免孳生蚊子；(四)飲用水請確實煮沸後再飲用，如有停水後恢復供水時，可先打開水龍頭流數分鐘再取用煮沸，以確保安全無慮。
環保署並表示，災區民眾如有災後環境污染或廢棄物清理問題，可致電全國環保單位免付費專線反映諮詢，電話：0800-066666。