為提昇環境品質與生態系的穩定，促進資源有效與合理利用，中央政府組織改造將於101年成立環境資源部，整合污染防治及自然保育工作，健全決策機制、強化行政效能。
目前環境保護、水利、礦業、地質、國家公園、森林保育、氣象、水土保持及生態保育等事務，分屬不同部會主政，藉由環境資源部成立，可整合分散在各部會的水、土、林及空氣等資源管理與保護，藉環境規劃及管理，加強環境資源保護，維持生態環境平衡。
環保署指出，以水資源為例，目前水資源事權的管理設計中，水質保護歸行政院環保署管理，下水道由營建署管理，集水區治理由行政院農委會管理，水量由經濟部水利署管理，由於水污染防治與水資源利用本為一體之兩面，兼籌並顧才能發揮最大互補效益；成立環境資源部將有助於事權統一，使水資源發展與環境保護間得以相輔涵育。
依據行政院組織調整相關規定，環境資源部涉及部會包括內政部、經濟部、交通部、行政院農委會、行政院退輔會及環保署；並經召開3次專家學者諮詢會議、18次署內研商會議及6次相關部會研商會議，環境資源部規劃成立7司、6處、6個三級行政機關及3個三級機構，詳後附之組織架構圖。
沈世宏署長表示，民國76年成立環保署，作為維護台灣優質環境的第一個重要里程碑。23年來，我國的環境品質在全民的共同努力下，已有顯著的改善與提昇。現因應全球溫暖化帶來氣候變遷的新挑戰，順應國際環境保護趨勢，環境資源部成立除回應 總統環境政見之「前瞻而正義的環境政策–成立環境資源部」願景及積極因應全球氣候變遷之外，亦是維護台灣優質環境的第二個重要里程碑，不僅可提升政府效能，更可快速達到建構「藍天綠地、青山淨水、健康永續」的生態環境與家園。