高屏溪水質早期主要受養豬畜牧業廢水所污染，經環保署89年推動養豬離牧政策，補償拆除豬舍及47萬頭豬隻，目前高屏攔河堰以上河段水質均可達乙類水體標準。惟高屏攔河堰以下河段，含括武洛溪、牛稠溪及萬丹排水等主要支流，流經屏東縣九如、里港、鹽埔、長治、屏東及萬丹等六鄉鎮市，環保署及屏東縣環境保護局檢測其水質，在溶氧、生化需氧量及氨氮等項目較差，皆屬嚴重污染，分析主要污染源為畜牧業廢水及生活污水。
根據農委會97年度統計資料顯示，屏東縣轄區內飼養豬隻頭數約157萬頭，約佔全台比例24％，為全台之冠。97年迄今環保單位接獲民眾陳情屏東縣畜牧業污染案件計483件，約佔該縣總陳情案14％，畜牧業廢水已成污染主要元兇。
環保署南區環境督察大隊為改善高屏溪下游環境品質，會同屏東縣環境保護局以不預警、大規模方式執行聯合稽查行動，本年度共稽查97家畜牧場，採集26場放流水樣送驗，違規告發23場次，違規比例高達23％。
該署呼籲畜牧業者，水污染防治法已修法將畜牧業違反放流水標準之罰鍰額度，從新臺幣六萬元以上六十萬元以下調整為六千元以上十二萬元以下，相較其他業別的裁罰已算輕微，畜牧業者應基於環境及河川清淨的共同認知，發揮道德良知，妥善操作廢水處理設施。署將以聯合稽查方式執行污染稽查管制，已使少數心存僥倖的不肖業者有所警惕，未來大規模稽查行動仍將持續不定期辦理，希望業者千萬別存僥倖心理，以身試法。民眾若發現有污染情事，請立即向當地環保局或環保署舉發（公害陳情專線：0800-066666），環保單位將立即派員前往稽查遏止污染。