由於碧利斯颱風帶來豐沛雨量，不僅造成南部局部地區發生嚴重淹水災情，也使得高屏溪等河川之水質濁度升高，而影響自來水的淨水處理。為了確保飲用水安全，行政院環境保護署環境督察總隊南區環境督察大隊已派員加強飲用水水質抽驗工作，截至本(7)月20日為止，環保機關與自來水公司合計抽測達200餘件，檢測結果皆合格，而各河川的水質濁度現已大幅下降，不影響自來水的淨水處理與供水，環保署亦將持續密切監測，以確保民眾用水安全。
另外，大雨造成多處積水，加上氣候轉趨炎熱，成為登革熱病媒蚊孳生之最佳溫床，部分地區之病媒蚊密度指數有升高之趨勢，民眾應特別注意；典型登革熱臨床症狀主要特徵為具有3至8天的潛伏期、發燒、疼痛及發疹等，民眾如有上述症狀應盡速就醫。
由於颱風下雨積水地區或容器易成為登革熱病媒蚊孳生之溫床，環保署特別籲請民眾應確實勤於清理居家環境，共同防範登革熱疫情。此外，暑假期間亦是民眾出國之旺季，民眾前往如東南亞等登革熱較流行之國家，亦應慎防被蚊蟲叮咬，以免感染登革熱，於回國後成為境外移入源。環保署籲請大家共同預防登革熱疫情爆發。