李應元署長本（13）日赴花蓮縣，由環保局饒局長陪同至雲翠大樓、白金大樓、統帥飯店及國福土資場關心災後環境消毒、廢棄物清運及暫置場所等情形，對於花蓮縣環保局同仁全力投入救災工作，表示嘉許，對災區環境復原工作將全力予以協助。
李應元署長表示，環保署在地震發生後立即成立緊急應變小組，主動與花蓮縣環保局保持密切聯繫，隨時掌握災區最新訊息及需協助事項，並同時完成環境消毒藥品及清運機具調度整備工作。為確保民眾飲水安全無慮及瞭解災區需求，於地震發生後隔（7）日立即指派署內同仁進駐災區進行自來水水質抽驗工作，截至本（13）日為止累計抽驗飲用水共45處，另外，花蓮縣環保局提出災區環境消毒、流動廁所、雇用清運機具及清理人力等需求，環保署全力予以協助。
環保署表示，花蓮石材業反映因天災受損產生之次級產品或災損品涉及固定污染源設置與操作許可證申請疑義部分，該署已於107年2月13日函文花蓮縣環境保護局說明，因天災受損之石材如可作為其他產業如水泥業、砂石業或混凝土業之原物料，且固定污染源設備並未更換或擴增，製程原物料均未有改變，則未涉及固定污染源設置與操作許可證管理辦法第3條所稱之變更，自毋須重新申請固定污染源操作許可證；如有涉及固定污染源異動或變更申請程序之申請案件，請該局協助業者儘速擬訂排放檢測計畫，並簡化固定污染源設置與操作許可證申請辦理程序。
李應元署長表示，本次地震發生適逢年節前民眾大掃除期間，會排出大量垃圾，又倒塌大樓拆除也會排出大量災後廢棄物，請民眾務必配合做好廢棄物分類及減量工作，以加速廢棄物清運及減輕清運人員的負擔，早日完成災區環境復原工作。