環保許可證電子化作業採分階段方式推動，第一階段提供全國列管事業使用電子簽章方式進行許可申請。並配合提供電子付費服務，優先以五都 (臺北市、新北市、臺中市、臺南市、高雄市)之事業先行適用，今年年底則可全面推動至全國各縣市實施。
過去事業申請環保許可證，須上網填寫資料後再列印書面資料蓋章，以公文寄送至地方環保局進行審查，並以臨櫃或郵局匯票方式繳納審查費，不但浪費紙張，亦浪費時間。為改善前開情形，環保署於今年推動環保許可證電子化申請付費作業，希望提升申請作業效率。
環保署為提供事業便利之服務，除於96年8月1日將空、水、廢、毒之環保許可申辦系統整合為單一入口網站「環境保護許可管理資訊網(EMS) （http://ems.epa.gov.tw）」，以提供4萬多家事業申辦之便利外，更於今年積極推動環保許可電子化申請作業，作業方式為事業以電子憑證（即工商憑證或自然人憑證）登入EMS資訊網，開始進行許可申請資料填報，填寫完成後並以電子憑證進行電子簽章送交地方環保機關進行審查，環保機關於審查過程時同樣以電子簽章確認該申請文件。後續事業繳費提供電子付費（即信用卡、晶片金融卡、金融帳戶）等方式繳納審查費或證書費。
環保署冀望藉由環保許可電子化作業之實施，提升事業許可申辦業務之效率，且達到減少不必要之紙張浪費，最重要可以「網路取代馬路」，在家即可申辦各項環保許可，減少事業單位舟車勞頓之辛苦。事業或地方環保機關若對於環保署推動環保許可證電子化作業方式有相關疑問，環保署亦設置免付費專線0800-059-777提供諮詢，或可上網至EMS資訊網專區（http://ems.epa.gov.tw/Anonymous/EmsArea.aspx）中下載相關操作手冊。
附加檔案：推動環保許可電子化作業流程