八八水災後，淹水地區商家或工廠的污染性商品是否會因此流到附近農田造成危害，引發外界關注，其實美國紐奧良在卡崔納風災後就已發生過類似的疑慮，因此過去數週來政府除忙於救災外，也早已同步著手研議此問題的處理方式，初步規劃將採標靶式調查來進行土壤及地下水品質監測。
這次水災重創南台灣，農地漁塭受創面積廣闊，如採傳統之區塊土壤採樣調查監測方式，勢將耗費諸多行政資源，但效果有限且緩不濟急，因此環保署打算採鎖定焦點地區及加強異常通報方式雙管齊下進行管理。
首先將結合相關單位就災區內具污染潛勢之事業單位進行損害調查，包括設施損壞、物料、廢棄物或製程原水、廢水溢散情形、災後污泥清除情形。特別是災損嚴重而且附近又有農地漁塭時，環保機關將派員到現場進行專業的勘查評估，必要時隨即展開進一步的採樣調查或緊急應變工作。
另外環保署也將協調農委會及鄉鎮市公所進行監測灌溉渠道水質及訪談農民等工作，一旦發生異常，隨即通報環保機關進行該地區之土壤及地下水污染調查工作。
上述作為均屬被動式的行政管制措施，環保署建議淹水地區的商家或工廠應採取更積極的態度和作為，如果懷疑場所內有污染流到外面造成土壤或地下水污染疑慮時，應主動通報環保機關進行調查，因屬天災所致，非人為故意造成，假如現在發現附近農地因此受到污染時，依法是不需要負擔污染行為人的責任，但如果數年後才被查出，恐怕會因年代久遠難以判斷污染責任，屆時勢將產生諸多爭議。
土壤和地下水的污染不易被發現，卻可能對生活環境環或國民健康造成重大影響，環保署希望藉由政府的積極作為及民眾的重視關心，即便是污染已經發生，也可以及時發現有效處理，讓此次水災對環境的影響降到最低。