行政院環境保護署公布台灣地區淡水河等十一條河川中、下游底泥戴奧辛背景調查數據，所有河川都普遍檢出微量（0.27至14.2皮克）戴奧辛，主要河川中以淡水河濃度最高（平均6.47皮克），高屏溪最低（平均0.5皮克）。與日、美、歐各國河川背景濃度比較，我國戴奧辛環境累積屬較輕微。
環保署環境檢驗所自八十六年起開始對河川中、下游底泥戴奧辛展開調查，對象包括淡水河本流、頭前溪、客雅溪、中港溪、北港溪、朴子溪、鹽水溪、二仁溪、高屏溪、東港溪及蘭陽溪等主要河川及鹿耳門溪。調查結果發現，各河川普遍檢測出戴奧辛，每公克底泥戴奧辛毒性當量範圍自0.27至14.2 皮克（兆分之一公克）不等。北部最大河川淡水河本流四站平均6.47皮克，頭前溪三站平均2.14皮克、客雅溪三站平均3.72 皮克，中港溪四站3.95 皮克。南部北港溪二站平均0.94皮克，朴子溪三站平均2.38皮克，鹽水溪二站平均3.44皮克，南部最大河川高屏溪四站平均0.5 皮克，為已檢測河川最低者，東港溪五站平均1.84 皮克。東部蘭陽溪二站平均0.6皮克。至於過去以廢五金燃燒聞名之二仁溪於八十九年之調查中，由中陸橋、石安橋、二層行橋至出海口南萣橋之下表層底泥之濃度則介於1.88至4.00 皮克之間，四站平均2.34 皮克，表示二仁溪近期之戴奧辛污染與其他河川相比並未特別突出，且過去污染河段的污染並未往下游移動。所有數據中，以鹿耳門溪河口之濃度14.2 皮克最高，推測與其流域中過去的工業污染有關。
環保署表示，國外河川底泥戴奧辛調查數據亦相當缺乏，僅有日本有較系統的監測。日本一九九八年全國河川底質調查二百零五處的平均值為6.8 皮克（範圍由未檢出至230 皮克）；隔年日本環境廳再對十條污染較嚴重河川底泥戴奧辛的調查110個樣品的平均濃度達到21皮克，平均值高於10 皮克的有四條，其中又以琦玉縣綾瀨川為最高，底泥戴奧辛由9.0至720 皮克，平均94 皮克。美國一九九六年全國平均值為5.3 皮克（範圍自小於一至二十皮克），瑞典河湖底泥平均值為19.5 皮克（範圍由11.0至207皮克），歐盟國家河川底泥的代表性測值由小於1至200 皮克不等。台灣地區各河川的背景濃度顯示環境中雖普遍存有戴奧辛，惟與各國比較屬較低者，此亦反應各國工業活動的相對強度。因為環檢所並未對河川上游進行調查，環保署表示不排除上游會出現較低之測值。
另據環檢所在淡水河台北橋下鑚心取樣結果，0-5公分、5-10公分、10-15公分、15-20公分、20-25公分、25-30公分各層的濃度分別為9.07、11.2、13.2、50.0、6.76及3.49 皮克，各層的戴奧辛濃度隨深度增加而增加，至十五到二十公分一層達到最高為50.0 皮克，為表層底泥濃度的五倍，然後即急劇降低，至二十五到三十公分一層即低至3.49 皮克，僅為最新沉積層之三分之一，然亦較目前台灣地區其他河川高。由於無底泥沉積的年代資料，無法判斷其確實年代，推測最高的濃度可能與七十年代以前有機氯農藥的使用、上游行水區垃圾場露天燃燒有關。由於有機氯農藥的禁用、水污法與空污法施行及廢棄物的有效處理，目前戴奧辛的累積已較最高峰時減少百分之八十。惟淡水河仍承受大台北地區六百萬人口的大量生活廢水與農、工業廢水，也是造成其底泥戴奧辛仍名列前茅的原因。環保署比較八十六年至八十八年的監測數據，發現淡水河底泥的戴奧辛有逐漸減少的趨勢。
環保署表示，河川底泥為環境中污染物最後蓄積的場所，尤其河川下游底泥更可反應流域中所有污染活動強度。由於戴奧辛為國人近年來關注的焦點，環保署已計劃全面建立環境戴奧辛背景資料。環檢所自本年起將對台灣地區二十一條主要河川及二十九條次要河川作系統性、長期性的調查，預計每年採樣兩次，以持續監測環境中戴奧辛累積的程度。