96年水利署第六河川局在二仁溪兩岸（台南縣仁德鄉、高雄縣湖內鄉）進行堤防興建工程時發現疑似掩埋廢棄物，環保署立即函請縣市環保局依法查處，並依「廢棄物清理法」規定要求相關責任人清除；另為瞭解二仁溪沿岸棄置廢棄物場址的範圍、污染物數量、種類等，環保署96年底緊急補助台南縣環保局、高雄縣環保局及台南市環保局共553萬元進行沿岸廢棄物棄置地點的細部調查與清理規劃。目前3縣市環保局已展開調查，並辦理招標公告作業程序中，預定近日將上網公告，工作期程預估6個月。
至於先前發現的廢棄物，已先挖除用太空包裝填移除至取土區及已完工堤前等適當地點暫置，環保署環境檢驗所亦於97年1月底協助完成廢棄物採樣調查，第六河川局正籌措經費規畫後續如何妥善處理。
二仁溪沿岸廢棄物棄置問題環保署一向十分重視，95年即就補助高雄縣環保局完成清除二仁溪沿岸白砂崙及圍仔內段公有地約4,800公噸含重金屬有害事業廢棄物，清除後場址已由當地民間環保團體認養復育，還河川清淨面貌。