鑑於斃死豬非法流用事件頻傳，環保署與農委會聯手合作，透過現代科技產物--衛星定位即時追蹤系統（GPS），即時監控斃死豬清運車輛行車路徑，目前掌握行車軌跡異常車輛多部，已加強跟監，杜絕不法行為。
環保署表示，為有效追蹤管理斃死豬清運流向，防範非法流用，業已比照有害事業廢棄物管理模式，依據廢棄物清理法第31條規定公告，凡清運斃死豬之車輛，均應加裝GPS裝置，以利環保機關監控行車軌跡。這項規定自今(95)年6月1日起實施，經由環保署與農委會密集宣導，並由農委會提供裝機補助，目前110部合法清運斃死豬集運車，均已依規定完成加裝GPS裝置，正式運作中。
因此，環保機關藉由GPS系統之即時通訊與行車紀錄功能，可即時掌握清運車輛行車路徑，並於事後查核分析車輛行車路徑是否異常，並另結合農委會化製場三聯單申報制度，透過斃死豬清運流向聯單資料及GPS行車軌跡勾稽比對，篩選可疑車輛，優先跟車稽查，以有效遏止非法流用情事發生。因此，目前所有合法載運斃死豬集運車行車狀況與位置，均在環保單位嚴密監控掌握中。
環保署表示，目前所建立之GPS軌跡異常篩選系統平台，將提供地方環保機關及動物防疫機關使用，透過系統平台篩選行車軌跡異常車輛，優先進行跟車稽查。依據環保署事業廢棄物管制中心近三個月來監控，已鎖定多部行車軌跡異常車輛，包括異常停頓點過多、停頓時間過九、訊號缺漏路段過多、訊號回傳率過低、有運送資料無行車紀錄等，優先進行跟車監控，如查獲不法，將立即送辦。
對於外界質疑，業者雖裝有GPS，但仍有可能以關機、拔天線或中途轉運等方式，逃避管制，使GPS無法發揮功效，環保署表示，所有裝機車輛軌跡均在監控中，如果異常停頓點過多過久、訊號缺漏路段過多、當日開機地點與前一日關機地點不符等，訊號軌跡異常者，皆可由其傳回之資料判斷，環保單位都將優先跟監，因此，呼籲所有集運業者，不要心存僥倖。
此外，環保署也呼籲所有養豬業者，不要將斃死豬交由非法業者清運，環保署也轉請農委會通知飼養豬隻200頭以上之畜牧場，斃死豬委託清除，應記錄日期、種類、數量、車輛車號、清除機構、清除人、處理機構，並保留所清除事業廢棄物之處置證明，供環保及農業單位進行查核，如果沒有辦法交待斃死豬清理流向，將遭環保單位依違反「事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準」第13條之規定，告發處分。
目前環保署所列管三千頭以上養豬場(共211家)，已發現有53家在過去二個月均未申報產出斃死豬，不合常理，由環保署環境督察總隊三區大隊專案進行稽查，如無法交代斃死豬清運流向，將從重處罰6千~3萬元。
最後，環保署呼籲農民不要將斃死禽畜隨意棄置或委託不明人士處理，應依農委會規定與合法化製場簽約，委託處理。民眾如發現斃死禽畜遭不肖業者製成肉類製品，請暗記載運車輛車號、車型及發生地點，向農政、衛生、環保或檢調單位檢舉，共同防杜不法，並為食品衛生把關，維護自身健康。