過去都市中的河川由於承受大量生活污水與垃圾，不但髒亂而且散發惡臭，成為環境之瘤。在城市演化的過程中，常變身為地下箱涵，上面鋪上水泥柏油，成為停車場或馬路。近年來，環保署積極推動都會型河川的改造，依據水體的用途、重要性、污染程度及污染來源，選定基隆市田寮河、台北縣中港大排、屏東縣萬年溪、高雄縣鳳山溪及台中市柳川等5條都會型河川進行整治，截流晴天污水以自然淨化工法或送到附近的污水廠處理，並配合進行河道景觀綠美化，達到改善環境髒亂與周遭水域環境之目的。所有工程完工後，預計受惠人口可達137萬人。
5條都會型河川中，高雄縣鳳山溪及屏東市萬年溪之整治工程均已完工。其中鳳山溪整治工程每日截流5萬8,000公噸污水淨化處理，並將鳳山溪污水處理廠處理後之5,000公噸放流水，回送至公園內人工溼地經進一步淨化後再排入鳳山溪，補注鳳山溪水量。而環繞鳳山古城的支流曹公圳經過整治後，呈現水岸活化及結合人文與環保概念之新風貌。原來違章林立、臭水橫流的後院，經過整治後比美日本小城，有人乾脆把大門開到河邊來。萬年溪整治工程每日約可截流1萬1,400公噸污水淨化處理，並透過上游崇蘭舊(新)圳之引水工程補注活水進入萬年溪，活化河川水源，搭配河道景觀綠美化工程，展現萬年溪整治後之新氣象。
至於尚未完成之3條都會型河川，目前正積極推動辦理中。基隆市田寮河之整治工程，預計截流污水量5萬8,000公噸/日，已於98年中開工，目前進度分別為29.5%及47%，可望於101年初完工。台北縣新莊中港大排截流兩岸至少4萬8,700公噸/日污水，並重新塑造2,300公尺的河廊環境，目前工程進度約46%，可望於100年6月完成。台中市柳川整治工程，預計每日可截流處理2萬2,800公噸生活污水，第一期工程已於99年1月發包施工。這些工程完成後，除了水質得到改善外，也將帶動周邊環境與生活品質的整體提升。
環保署表示，都會型河川整治工程陸續完工後，未來仍將持續加強事業廢水稽查管制、加速污水下水道系統建設、河岸面垃圾清理及妥善維護沿岸綠美化設施等相關措施，期能進一步提升都會型河川之整治效益，營造優質的水域生活環境。