針對台塑六輕用水超量的監督查核結果出爐，環保署依據書面與現場查核結果將對台塑、台化、南中石化等3家公司依用水增量之程度差異開罰。另對於前六輕用水超量處以700萬元之處分，因台塑依法提起訴願經行政院訴願會議決，原處分撤銷部份，環保署對此結果則表示予以尊重，但環保署重申依法監督查核的努力與堅持將不受任何影響。
環保署頃接獲行政院訴願會撤銷該署本（96）年3月23日對六輕計畫等14家公司未依環評審查結論將六輕用水降至25.7萬噸/日之處分案，訴願決定書雖肯定六輕用水應降至25.7萬噸/日的事實，但以環保署未區分14家公司之用水減量義務處罰，未符比例原則，及環保署對六輕用水變更環境影響差異分析報告審查時間逾越期限等理由，作出撤銷原處分之決定，環保署表示尊重行政院訴願決定結果，並將依照訴願書提示理由，依據該署7月3日至15日監督查核結果，認定責任歸屬對象及情節輕重比例，重新裁處。
環保署表示，7月3日至7月15日進行六輕現地用水計畫監督查驗，查核工作不僅針對用水量，更對省電及節能方面進行全面性評估。環保署審酌原六輕四期用水量資料及前述查核結果，台塑、台化、南中石化3家公司，實際日平均用水量較原計畫用水量，分別增加10.1%、4.7%、20.0%，雖該3家公司試圖採行控制措施，顯無法有效改善，而其他10家公司則均展現節水成果，實際用水量均較原計畫用水量減少，值得肯定，故環保署決定僅對該三公司開罰。
環保署表示，處罰不是目的只是手段，協助並輔導企業積極投入環境保護才是努力的目標，本次重新裁處只是依法促使開發行為人加以改善，因此，該署將依行政程序法及行政罰法給予台塑、台化、南中石化等3家公司陳述意見機會，並審酌彼等陳述意見後按環評法決定處分事宜。