自台北市立和平醫院於九十二年四月二十四日遭封院後，雲林縣元長鄉日友公司於四月二十六日起即陸續收受處理來自醫療院所所產生與SARS病患（及疑似感染SARS病患等）有關之醫療廢棄物，為妥善處理SARS醫療廢棄物及防止疫情擴散，環保署依行政執行法第三十六條及第三十九條即時強制規定，指定使用日友公司之處理設備進行醫療廢棄物之處理工作，經當地民眾配合及體諒政府政策，相關醫療廢棄物得以順利進廠處理。
為監督日友焚化廠防疫及處理程序，自四月二十九日起即由環保署及雲林縣環保局輪流派員二十四小時駐廠監控，除針對焚化過程之污染防制情形查核外，並確保有關SARS醫療廢棄物之清運車輛、裝載容器及操作人員等，於進廠及焚化處理完畢出廠時，皆在嚴謹之消毒防疫程序下作業，截至五月三十一日止，共焚化處理SARS醫療廢棄物計八八、四八二公斤。
環保署表示，焚化爐產生之飛灰係屬有害事業廢棄物，該公司係依照廢棄物清理法相關規定委託合法之甲級清除及處理機構清理；另焚化爐產生之底灰則為一般事業廢棄物，亦已依規定委託合法之乙級清除及處理機構清理。環保署於四月二十九日、五月六日兩次針對該廠焚化爐產生之飛灰、底灰等廢棄物進行採樣，以毒性特性溶出程序（TCLP）檢測總鉻、六價鉻化合物、總鎘、總鉛、總汞及2,3,7,8-四氯戴奧辛等，檢測結果其特性無誤，又進行勾稽查核其廢棄物清除、處理流程，亦均符合環保法令規定。
對於日友公司焚化廠放流廢水管制部分，環保署於四月二十九日、五月六日針對該廠排放廢水進行採樣，經檢測懸浮固體量、化學需氧量、鎘、鉛、總汞、總鉻、銅、鎳等項目，其中總汞超過放流水標準，該署立即要求日友公司改善，並依法告發處分。針對放流廢水含汞偏高乙節，研判係因收受處理SARS醫療廢棄物後，醫院於封院或淨空清理消毒時，將所產出之廢棄物均以SARS醫療廢棄物處理，致焚化之廢棄物性質較複雜，且不排除混雜較多的水銀體溫計或含汞藥水於其中，造成廢水含汞量偏高，導致廢水處理效率降低所致。該公司已就其廢水水質自行採樣檢驗，並對處理流程全盤檢討，於廢水處理過程中，增加重金屬捕集藥劑添加之單元，現已有效降低放流水含重金屬濃度，環保署復於五月二十五日進行採樣並追蹤廢水改善情形，檢測結果均已符合放流水標準。
有關焚化爐煙道廢氣監測部分，九十一年迄今雲林縣政府曾針對該廠排放氯化氫等廢氣進行逐季採樣檢測，煙道檢測結果均符合空氣污染物排放標準，另於該公司附近實施環境空氣品質監測，監測結果亦符合環境空氣品質標準。至於戴奧辛管制部分，因日友焚化廠係屬小型焚化爐，管制標準自九十三年一月一日始生效(管制標準訂為0.5奈克當量)，而依據日友公司九十一年六月七日自行委託本署認可的代檢測機構檢測結果，戴奧辛濃度為0.024奈克當量。因目前正值防疫期間，由於戴奧辛檢測需進行煙道廢氣監測，採樣人員、儀器等需長時間曝露於作業環境中，為顧及防疫等安全性問題，本署將俟疫情降低後，再進行戴奧辛檢測作業。
環保署同時表示，為確保有關SARS醫療廢棄物之清運車輛、裝載容器及操作人員等之安全，於進廠及焚化處理完畢出廠時，皆在嚴謹之消毒防疫程序下作業，該署及雲林縣環保局駐廠人員仍將持續對該公司焚化廠污染防治設施操作情況，進行嚴密監控，以維護該地區環境品質。