為了積極提升及保障灌溉水源水質，環保署自104年起，輔導桃園市、臺中市及彰化縣等3縣市優先實施應特予保護農地總量管制區（新街溪/埔心溪、詹厝園圳、東西二三圳）。截至107年底，全國已有9縣市完成共7處管制水體劃定總量管制區及5處加嚴放流水標準，管制項目主要為對人體健康嚴重影響的重金屬項目（包括：銅、總鉻、六價鉻、鎘、鎳、鋅）。
近年來食安問題廣受國人重視，但由於過去灌排渠道未分流、灌溉水源受到工廠排放重金屬超標的廢水污染，導致農地引灌後於土壤累積過量重金屬，進而頻傳「鎘米」、「銅米」等污染事件，影響我國農業經濟發展、環境資源耗損及提高國人健康危害的風險。
行政院農委會於102年10月31日函頒實施「農業灌溉水質保護方案」，分階段禁止事業直接排放廢（污）水至灌溉渠道，環保署則著手擬定灌溉水質改善措施，篩選水質不佳河川、區域排水、灌溉圳路等作為管制對象，推動地方政府劃定為總量管制區，或加嚴流域範圍內的事業放流水標準，同時搭配修正提高違反水污染防治法的裁罰金額等管制手段，從污染排放源頭加以減量。
總量管制區劃定後，一級管制區內將禁止總量管制區內新設有排放重金屬事業，而既設事業的排放標準亦加嚴管制；此外，縣市政府環保局更須加強稽查採樣作業、增設水質監測站、督導列管業者改善廢水處理效能並減少排放、專管改排或遷入工業區內統一管理等，意即總量管區內將不再新增污染，同時逐年削減既設事業污染排放量。
除針對特定水體流域劃定總量管制區或加嚴排放標準外，環保署於106年12月25日修正發布放流水標準，全面擴大重金屬加嚴管制對象範圍，對於特定生產行為有排放重金屬之事業或污水下水道系統，加嚴銅、鉛等9項重金屬放流水標準限值，並對於因被處停工或情節重大等重大違規而經廢止排放許可證者，3年內不得再申請及核發許可證，等同讓嚴重違法業者強制歇業。
檢視桃園市、臺中市及彰化縣三縣市於105年公告總量管制區後的管制成效，3個總量管制區於107年的重金屬銅灌溉用水水質標準合格率均達100%，相較於管制前已大幅提升水質（99年新街溪/埔心溪及東西二三圳的重金屬銅合格率分別為85%、67%），顯示總量管制對灌溉用水水源水質保護有極佳效果。
環保署未來將持續推動及追蹤總量管制成效，滾動式檢討管制措施與污染減排進度，有信心持續提升我國灌溉水源水質，同時與農委會、縣市政府環保局、農田水利會持續並肩作戰，共同守護我國農作物生長環境，確保國人能夠安心食用我國優良農產品，確保農業發展及環境永續共生共榮。