南瑪都颱風造成東部及南部地區淹水情況嚴重，環保署呼籲民眾待淹水情形和緩後，立即依據災後垃圾快速清理原則進行各項廢棄物清理工作，將易腐敗、發臭的部分與大型廢棄物分開清理，室內宜用漂白水消毒，戶外積水要清除，飲用水請煮沸後再使用，以加速環境之復原。
颱風過後，民眾災後清理居家環境丟棄廢棄物，環保署提出災後消毒民眾垃圾清理原則（如附件一），請災區民眾首先將垃圾中易腐敗、發臭的部分與其他廢棄物分開堆放，以便當地環保單位規劃，優先清除。在不影響救災及交通順暢下，不易腐敗之廢棄家電或大型家具等，如欲丟棄，請放置於附近的空地或路旁或暫置於環保單位指定之暫時堆放地點，俾利迅速進行各項廢棄物清理工作，加速環境之復原。
另環保署也提出環境消毒方法（如附件二），提醒民眾在環境清理過後，宜進行居家環境及器具消毒工作，以市售漂白水(成分為次氯酸鈉，濃度約為3 %至6 %)稀釋100倍，進行室內環境及一般器物擦拭消毒工作。戶外公共環境方面，可請轄區清潔隊協助。
為了防止災後居家或戶外積水容器，易孳生登革熱病媒蚊，環保署再次呼籲民眾儘速清除戶內外登革熱病媒蚊孳生源，檢查花瓶、水缸、水塔、冰箱除霜底盤和盆栽植物墊盤等，並將積水清除，以遏止登革熱疫情蔓延(清除登熱病媒蚊孳生源自我檢查表如附件三)。環保署並提醒，請民眾注意飲用水、食物及個人衛生，飲水要煮沸後再飲用；颱風過後各縣（市）環保局將加強災後飲用水水質抽驗工作，而飲用井水或山泉水等簡易自來水用戶，管理單位應於颱風後清除水井或水池之污泥並洗刷乾淨，必要時施以消毒，飲用水煮沸後才可飲用，確保安全。