交通部已於4月底將蘇花高環境影響差異分析報告暨環境現況差異分析及對策檢討報告的補充資料送到環保署，由於本案審查備受各界關注，環保署特別就本案目前辦理情形加以說明。
環保署表示，蘇花高案原環境影響說明書已於89年審查，有條件通過。目前是因該計畫經目的事業主管機關同意後，超過三年沒有實質動工，以及交通部國工局依細部設計結果，申請變更部分計畫內容，故依據環境影響評估法規定，在95年底提出「環境影響差異分析報告暨環境現況差異分析及對策檢討報告」送環保署審查。
依照環保署環評委員會運作程序，此類案件會先組成專案小組召開初審會，獲致結論後，再提該署環境影響評估審查委員會（簡稱大會）核定或討論。本案環保署在今年1月18日召開專案小組審查會，結論係請交通部國工局補充說明後，於4月30日前送專案小組再審。交通部依照上述時程，在4月26日將補充說明資料送到環保署。
環保署表示，該署為改善環評專案小組審查效率，已著手進行相關檢討改進措施。其中即包括對於開發單位補正資料的程序審查，再召開專案小組審查會，以減少專案小組會議一再要求補正情形。有關交通部4月26日所送環境影響差異分析報告暨環境現況差異分析及對策檢討報告，經該署程序審查，發現報告中對於蘇花公路改善與本計畫關係、分期開發可行性分析等並未說明，因此在5月2日發文請國工局補充後，逕送足夠份數之報告至該署。
環保署收到國工局補充後的報告後，將續召開專案小組審查會。至於何時可提大會討論，則必須俟專案小組獲致審查結果後，才能確定。