為彌補地面稽查盲點，有效取締二仁溪流域污染行為，環保署環境督察總隊南區環境督察大隊於4月25日會同台南地方法院檢察署、內政部空中勤務總隊勤務第三大隊、環保警察隊第三中隊、台南縣環保局、台南市環保局共同執行二仁溪污染源陸空聯合稽查任務，藉由空中觀測之污染源立即拍照、衛星定位即時通報地面稽查人員前往稽查，稽查對象包括工廠煙囪排放黑煙、廠房逸散、露天燃燒廢電纜線所造成空氣污染行為、工廠偷排廢水及非法棄置廢棄物的不法業者。
環保署表示，本次執行陸空聯合稽查，由台南地檢署3位檢察官登機巡查二仁溪及新營工業區等，發現台南縣威致鋼鐵公司廠房有空氣污染物逸散情形，經地面稽查人員前往查處，依違返空氣污染防制法第31條告發，台灣紙業公司排放廢水水質疑似不佳，現場採樣送驗。當日稽查行動共發現 22處污染源，其中空氣污染行為 2 件，水污染行為 19 件，廢棄物污染行為1件，經現場稽查後共告發7件，違反水污染案佔5件，其中台南市南區協勇企業公司為資源回收業，該公司未經許可進行酸洗作業，廢酸液逕行排放土壤，pH值達1.2，現場採水樣、底泥及污泥各1組，將依檢驗結果及負責人到案情形辦理；另台南縣仁德鄉銘長螺絲公司未領有廢污水排放許可，逕行排放酸性廢水（pH值達1.4），依違反水污法第7條及第14條告發。
該署表示，為減少二仁溪流域水質污染，未來陸空聯合稽查行動仍將持續不定期舉行，呼籲事業單位妥善維護操作廢水處理設施，不容許有偷排廢水、非法棄置、露天燃燒有害健康物質之行為；民眾若發現有污染情事，請立即向當地環保局或環保署舉發（公害陳情專線：0800-066666），環保單位將立即派員前往稽查遏止污染情事。