二仁溪於七十六年間，因水中銅含量偏高，曾發生綠牡蠣事件，經政策上禁止廢五金進口，及強力稽查違章地下熔煉工廠，熔煉業大幅減少，河川中重金屬銅含量已獲改善，然而，下游廢五金熔煉業，依舊為二仁溪的主要污染問題，除造成當地之空氣及廢水污染，同時其任意棄置之廢棄物及傾倒在河川之金屬灰碴，長期累積，將造成呼吸、肌肉神經之危害，另因違章廢五金熔煉業四處流竄，造成之重金屬污染，對河川水質及附近海域生態亦影響嚴重，此外，當地民眾並經常向環保機關陳情，造成地方政府相當之壓力。
為徹底解決危害民眾健康之問題，本署自八十九年七月起，偕同台南縣市及高雄縣政府，正式宣告拆除二仁溪非法熔煉業之決心，除於八十九年七月、九月及十月陸續發布新聞稿，宣示取締不法業者，並多次於公聽會、數十次之立法委員詢答、及多次熔煉業者之情陳中，明確表示九十年六月底將拆除完畢之決心。截至目前為止，拆除計畫已持續進行近一年，此間並已提供業者充份之時間，得以進行拆遷或轉業之工作，不致對業者造成太大之衝擊。
非法熔煉業依法應予拆除，以維護當地民眾之健康及水體之清潔，惟為考量其員工之生計，使計畫之推動更加順利，本署除於八十九年十月六日之公聽會，建請工業局儘速對於該溪沿岸之非法熔煉加以輔導，考量設置工業區集中管理之可能性以外，並於八十九年十一月九日及九十年五月九日，二度發函經濟部工業局，建請基於目的事業主管機關之立場予以協助，工業局亦表明願意協助之立場。
雖經相關部會之協助辦理，但大部分之業者仍持觀望之態度，希望透過各種管道，暫緩拆除工作之進行。然非法熔煉業之污染影響甚鉅，當地廣大之居民對本次之拆除工作亦抱持相當大之期待，有鑑於此，各級政府宣示管制決心不變，環保署基於清除污染源之精神，協調跨二仁溪之縣市政府，採取一致步驟，並同時執行拆除工作，希望藉由本工作之成果，早日還二仁溪乾淨的面貌。