對於各界相當關心的焚化政策，環保署新任署長張祖恩於92.11.11佈達後表示：「面對目前尚有縣市垃圾處理存在許多問題，對於施工中的及尚未動工的焚化爐，已全面檢討中。另本署正規劃有關縣市垃圾區域性處理合作的可行性，目前已訂定相關獎勵措施以提高縣市合作的意願。焚化處理雖然不是垃圾處理唯一的選項，但未來檢討結果如決定某縣市不須再興建焚化爐，則該縣市必須要有相關配套措施，確保垃圾處理不會出問題，這是本署的基本原則。」
另環保署表示希望各界能了解焚化處理政策，該署願意面對各界問題並提出說明如下：
環保署對於焚化政策的立場：一般廢棄物必須妥善處理，避免造成環境衛生問題，進而影響民眾的生活和健康，因此，每各縣市都應有穩定而且妥善的廢棄物處理方式。該 署推動或執行焚化爐之興建，係分別依據行政院八十一年九月核定之「台灣地區垃圾資源回收（焚化）廠興建工程計畫」、八十五年三月核定之「鼓勵公民營機構興建營運垃圾焚化廠推動方案」。從降低各縣市垃圾處理之紛爭、長時間穩定性高及較佳成本效益的考量下，每個縣市焚化爐處理其轄內的一般垃圾，有餘裕量時，並協助處理一般適燃性事業廢棄物，是目前比較適當的考量。
加強焚化廠進廠管制及民意監督：環保署訂定「垃圾焚化廠處理一般事業廢棄物管理事項」，做為各焚化廠管制事業廢棄物進廠之依據；各局（廠）亦訂定相關之廢棄物進廠管理規定，以逐車或抽檢方式檢查進廠廢棄物。各焚化廠完工後，由居民代表、相關單位及學者專家組成監督委員會，監督焚化廠營運，且可隨時參與並督導垃圾進廠檢查工作，大型焚化廠營運重要資訊（如進廠量、灰渣去處、發電量等），已於該署網站公布並隨時更新，供各界查詢，接受全民監督。此外，為落實「民眾參與焚化廠營運監督機制」，該署正檢討研訂「全民監督焚化廠操作管理要點」，將辦理多次公聽會，預計明年初即可定案並據以實施。
加強焚化灰渣之處理管制：飛灰固化物清運處理已建立三聯單制度，並要求各廠飛灰固化物出廠前七十二小時需上網申報，以確掌握其數量、流向。目前已完工營運之焚化廠除台南市廠飛灰打包暫存外，其餘各廠之飛灰皆固化處理後，送至合法掩埋場掩埋。針對焚化廠之廢棄物進廠管理監督、焚化處理污染防制及績效評鑑、灰渣之中間處理或再利用、最終處置之監督管理等，該署均已著手加強積極辦理中。對於底渣再利用及飛灰熔融規劃，該署已擬定專案計畫報院核定中。
焚化廠興建情形評估：除已完工營運中之十九座焚化廠加強其營運管理外，該署面對各界之關注，進行焚化廠興建情形的檢討，針對環境面、法律面、經濟面都將予以詳細評估考量，以求得客觀正確的資料供為決策參考。
該署最後強調，目前並無焚化爐停建的任何決定，尤其是已動工興建的焚化爐，無論是該署負責興建的，或是縣市政府主辦，由民間投資興建的焚化爐，原則上會續興建。