環保署配合104年2月4日修正公布水污染防治法之內容，於104年6月17日預告訂定「違反水污染防治法按次處罰通知限期改善或補正執行準則」（草案）並同步廢止「違反水污染防治法按日連續處罰執行準則」，明確規範業者違反水污染防治法相關規定，主管機關須依據違規原因判定應改善內容，核定改善期限；倘未完成改善，按次處分，以督促業者儘速完成改善。
依據現行司法之實務見解，主管機關對義務人違反行政法上義務，應逐次依職權調查事實及證據，以作為裁罰之基礎。故水污染防治法（下稱水污法）已刪除「按日連續處罰」之規定，修正為「按次處罰」。「違反水污染防治法按次處罰通知限期改善或補正執行準則」（草案）共11條，明定環保機關函知事業或污水下水道系統限期改善通知書應登載之內容，依現場稽查結果違規原因核定改善補正事項，並根據違規行為態樣、影響之輕重及改善補正事項所需時間之長短，依附表建議核給完成改善或補正之期限。同時規範環保機關得要求業者應檢具之證明文件、現場查驗之時程及認定改善完成之查驗方式。如環保機關查驗結果，仍認未完成改善者，應按查驗日之情事按次處分，並再通知限期改善。
環保署表示，裁罰制度的精神，在於「鼓勵合法，嚴懲違法」，透過裁罰手段，達到維護環境品質及企業公平競爭之目的。違反水污法之業者應依違規原因切實檢討並儘速完成改善，避免受罰。
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