行政院97年2月20日院臺財字第0970004265號令修正發布施行「廢棄物回收清除處理業購置設備或技術適用投資抵減辦法」（簡稱投資抵減辦法），規定廢棄物清除處理業及應回收廢棄物回收處理業者，合於適用期間97年1月1日至98年12月31日止訂購設備或技術者，應於交貨日次日起六個月內或該辦法修正施行日起六個月內，向環保署申請核發證明文件。環保署於97年3月18日配合修正公告「廢棄物回收清除處理業購置設備或技術適用投資抵減申請須知」（簡稱申請須知），接受業者申請核發投資抵減證明書。
環保署指出，本次修正「廢棄物回收清除處理業購置設備或技術適用投資抵減申請須知」，為配合97年2月20日修正發布的「廢棄物回收清除處理業購置設備或技術適用投資抵減辦法」。修正重點包括：依據公司法及配合商業登記法的修正，刪除申請證明書所應檢附的公司執照、營業登記證；及另為便民簡化作業申請，刪除需另檢附切結書的規定。此外並配合該辦法刪除不適用融資租賃方式購置設備檢附的文件，及明定第一次提出申請時應至少檢附的文件資料，俾免引發是否為期限內提出申請的爭議。環保署表示，符合該辦法的廢棄物回收清除處理業者，購置自動化設備或技術、防治污染設備或技術、資源回收設備或技術、溫室氣體排放量減量設備或技術及提升企業數位資訊效能之硬體、軟體或技術，可依申請須知所規定需檢附文件資料申請核發證明書後，其設備購置成本按百分之七，技術部分得就購置成本按百分之五，自當年度起五年內可抵減各年度應納營利事業所得稅額。
有關投資抵減辦法、申請須知修正條文及投資抵減證明申請書等資料已詳載於環保署網頁（網址：http://waste.epa.gov.tw資料下載項下之表單下載區），民眾可自行上網查閱並下載投資抵減證明申請書。